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万見
- PDB-1vrg: Crystal structure of propionyl-CoA carboxylase, beta subunit (TM0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vrg
タイトルCrystal structure of propionyl-CoA carboxylase, beta subunit (TM0716) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.30 A resolution
要素propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
キーワードLIGASE / TM0716 / propionyl-CoA carboxylase / beta subunit / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


propionyl-CoA carboxylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of propionyl-CoA carboxylase, beta subunit (TM0716) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
B: propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
C: propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
D: propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
E: propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
F: propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,30019
ポリマ－351,6176
非ポリマー68313
水25,9241439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46210 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area95940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.922, 162.210, 187.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 515 / Label seq-ID: 13 - 527

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
propionyl-CoA carboxylase, beta subunit


分子量: 58602.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0716 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZH5, acetyl-CoA carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6
詳細: 0.2M Li2SO4, 35.0% MPD, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.96112
検出器タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月8日
詳細: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.36 Å / Num. obs: 148537 / % possible obs: 96.76 % / 冗長度: 7.19 % / Biso Wilson estimate: 41.19 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 11.58
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.82 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique all: 12848 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 84.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ON3

1on3


解像度: 2.3→45.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 12.119 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. METAL SITE WAS MODELED AS MG. ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS DID NOT SHOW A PEAK AT MG LOCATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2098 7428 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.15681 141028 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23567 0 43 1439 25049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02224119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0222556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.97532670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.842352389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08953090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90924.3841015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.044154119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.10315144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.23702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0226960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.24881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.223115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.214352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1840.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.791316807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.52736336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.221524763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.40889398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.998117907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.211733
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1790.25
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7541 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.320.5
2Bmedium positional0.370.5
3Cmedium positional0.330.5
4Dmedium positional0.320.5
5Emedium positional0.30.5
6Fmedium positional0.330.5
1Amedium thermal0.742
2Bmedium thermal0.782
3Cmedium thermal0.692
4Dmedium thermal0.732
5Emedium thermal0.772
6Fmedium thermal0.722
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 493 5.45 %
Rwork0.233 8557 -
obs--80.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.190.02990.13610.4340.00940.8487-0.0310.1207-0.0117-0.0745-0.001-0.0227-0.01080.0390.0319-0.07230.00380.0155-0.10520.0018-0.173421.55879.966-7.955
20.80110.2377-0.34240.6357-0.39210.8975-0.0362-0.045-0.13340.0088-0.0474-0.10660.10650.14390.0835-0.10850.0419-0.0004-0.09670.0338-0.08434.48256.65136.276
30.5720.0120.11630.8291-0.43961.3215-0.03310.0423-0.1023-0.08140.030.08550.1768-0.17610.0031-0.0819-0.0620.0268-0.0858-0.0414-0.0581-12.72150.28716.846
41.01030.01920.49890.5459-0.02980.9693-0.06610.06270.1075-0.0338-0.0033-0.0137-0.16470.03050.0694-0.03960.0022-0.0124-0.15170.0166-0.154116.045102.8488.27
50.79910.4064-0.20670.7721-0.18370.84370.0087-0.1223-0.03130.0901-0.044-0.046-0.02360.06550.0353-0.09370.0266-0.0195-0.10160.0105-0.168822.82277.04152.351
60.54330.0083-0.06140.7402-0.48031.2802-0.01260.005-0.00490.02090.04810.1322-0.015-0.2266-0.0355-0.14980.01190.0044-0.0417-0.0143-0.0651-22.64374.81427.772
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 515 / Label seq-ID: 13 - 527

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD
55EE
66FF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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