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- PDB-1vrb: Crystal structure of Putative asparaginyl hydroxylase (2636534) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vrb
タイトルCrystal structure of Putative asparaginyl hydroxylase (2636534) from Bacillus subtilis at 2.60 A resolution
要素Putative asparaginyl hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2636534 / putative asparaginyl hydroxylase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Helix non-globular / Special ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Helix non-globular / Special / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uncharacterized protein YxbC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative asparaginyl hydroxylase (2636534) from Bacillus subtilis at 2.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative asparaginyl hydroxylase
B: Putative asparaginyl hydroxylase
C: Putative asparaginyl hydroxylase
D: Putative asparaginyl hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,3568
ポリマ－157,1324
非ポリマー2234
水39622
1
A: Putative asparaginyl hydroxylase
B: Putative asparaginyl hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6784
ポリマ－78,5662
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
2
C: Putative asparaginyl hydroxylase
D: Putative asparaginyl hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6784
ポリマ－78,5662
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.300, 104.660, 286.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALAA8 - 6620 - 78
21VALVALVALVALBB8 - 6620 - 78
31VALVALVALVALCC8 - 6620 - 78
41SERSERVALVALDD7 - 6619 - 78
52ALAALATHRTHRAA96 - 326108 - 338
62ALAALATHRTHRBB96 - 326108 - 338
72ALAALATHRTHRCC97 - 326109 - 338
82ALAALATHRTHRDD96 - 326108 - 338

-
要素

#1: タンパク質
Putative asparaginyl hydroxylase


分子量: 39283.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yxbC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46327
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2645.49
22.855.79
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop24% NP_PEG 4000, 0.065M Tris_base, 0.16M Mg Cl, 0.035M Tris Cl, 20% Glycerol, CuCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop24% NP_PEG 4000, 0.065M Tris_base, 0.16M Mg Cl, 0.035M Tris Cl, 20% Glycerol, CuCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111.0332
シンクロトロンALS 8.3.120.979686, 0.979835, 1.020026
検出器
タイプID検出器日付
ADSC1CCD2003年9月22日
ADSC2CCD2003年9月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.9796861
30.9798351
41.0200261
反射解像度: 2.5→28.66 Å / Num. obs: 49807 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 82.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6756 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
SHELXD+ AutoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→28.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 29.814 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.701 / ESU R Free: 0.333
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.THE DENSITIES FOR THE FOLLOWING REGIONS, 66-96, 178-185, 268-275, 138-142, ARE VERY POOR. ALTHOUGH MODEL WAS BUILT FOR SOME OF THESE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.THE DENSITIES FOR THE FOLLOWING REGIONS, 66-96, 178-185, 268-275, 138-142, ARE VERY POOR. ALTHOUGH MODEL WAS BUILT FOR SOME OF THESE REGIONS, THEY MAY CONTAIN ERRORS. 3.A FERRIC IRON IS MODELLED FOR EACH CHAIN. THIS ASSIGNMENT WAS BASED ON HOMOLOGS (1IZ3 AND 1MZE). HOWEVER, THIS CRYSTAL WAS OBTAINED IN BUFFER CONTAINING COPPER. THERE IS NO EVIDENCE TO EXCLUED THE POSSIBILITY THE ION BEING OTHER METALS SUCH AS COPPER. 4.D278-D285 IS A PART OF HELIX, THE REFINEMENT OF THIS REGION IS NOT STABLE DUE TO THE POOR DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27227 2243 5 %RANDOM
Rwork0.22144 ---
obs0.22399 42483 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3----4.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9010 0 4 22 9036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.95512683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873319097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.58251210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59423.814333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.325151229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.22192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.28428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.25795
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.53536211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.49232436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34159680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.20683506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.77113003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.24606
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0190.21
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.570.5
2Bmedium positional0.690.5
3Cmedium positional0.510.5
4Dmedium positional0.570.5
1Amedium thermal0.852
2Bmedium thermal0.812
3Cmedium thermal0.732
4Dmedium thermal0.782
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 164 5.29 %
Rwork0.37 2935 -
obs--94.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96580.8532.15211.24451.43355.7188-0.1093-0.0946-0.15210.24320.0065-0.0583-0.28480.42120.1029-0.33460.0411-0.0333-0.01190.0477-0.00762.988449.2048137.6508
27.76162.33743.731529.5456-2.99388.48040.16530.18990.8711-0.6785-0.54860.1261-1.980.53360.3833-0.0152-0.0822-0.1021-0.011-0.01930.005761.250172.6009140.3909
30.96840.3290.10412.7242-1.58483.5815-0.05690.1550.0012-0.0736-0.1613-0.0762-0.24530.13590.2183-0.32090.0422-0.0711-0.20230.0313-0.106852.798755.6551112.2554
46.06992.14942.58344.81352.533610.6777-0.57980.05861.0683-0.1683-0.01-0.8815-0.12321.09220.58990.0038-0.0082-0.0898-0.08190.17990.19867.949275.8987116.1472
50.60680.256-0.41341.5974-0.65543.9768-0.0936-0.2231-0.07110.3258-0.0590.06330.1365-0.36090.1526-0.0576-0.0047-0.0561-0.06060.0531-0.083841.735162.46666.9471
645.149510.2192-3.728731.3911-13.490835.91450.04820.2194-1.4244-1.16691.13170.78863.55221.9192-1.17990.01840.08910.05680.01430.1036-0.04952.330440.246568.8953
71.209-0.5291-0.77562.44891.7654.7634-0.17070.2393-0.12670.1608-0.0249-0.20570.2762-0.03890.1956-0.2954-0.0688-0.0455-0.18910.0455-0.063752.565559.335141.2205
84.38828.7267-3.121222.6560.09199.70420.45970.1964-0.55250.7512-0.31310.37582.2495-1.3372-0.14650.0733-0.12120.08510.0604-0.01730.290146.554337.046344.6474
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA8 - 6620 - 78
21AA95 - 326107 - 338
32AA80 - 9492 - 106
43BB8 - 6620 - 78
53BB95 - 326107 - 338
64BB67 - 9479 - 106
75CC8 - 6620 - 78
85CC97 - 326109 - 338
106CC80 - 9392 - 105
117DD8 - 6620 - 78
127DD95 - 326107 - 338
138DD67 - 9479 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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