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- PDB-1vr9: CRYSTAL STRUCTURE OF A CBS DOMAIN PAIR/ACT DOMAIN PROTEIN (TM0892... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vr9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CBS DOMAIN PAIR/ACT DOMAIN PROTEIN (TM0892) FROM THERMOTOGA MARITIMA AT 1.70 A RESOLUTION
要素CBS domain protein/ACT domain protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #750 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Magnesium transporter MgtE / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...Ubiquitin-like (UB roll) - #750 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Magnesium transporter MgtE / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBS domain containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of CBS domain protein/ACT domain protein (TM0892) from Thermotoga maritima at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CBS domain protein/ACT domain protein
B: CBS domain protein/ACT domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3312
ポリマ－49,3312
非ポリマー00
水4,360242
1
A: CBS domain protein/ACT domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6651
ポリマ－24,6651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CBS domain protein/ACT domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6651
ポリマ－24,6651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.040, 52.647, 44.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 CBS domain protein/ACT domain protein


分子量: 24665.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.6453.45
22.6853.7DATA FROM A SE-MET CONTAINING CRYSTAL IN SPACEGROUP I222 WAS USED FOR THE MAD PHASING EXPERIMENTS AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION. THIS MAD STRUCTURE WAS USED AS A MOLECULAR REPLACEMENT MODEL TO PHASE THE STRUCTURE OF A SECOND CRYSTAL IN SPACEGROUP C2 THAT WAS REFINED TO A RESOLUTION OF 1.70A.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7.520.0% PEG-8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7.520.0% PEG-10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.99187
シンクロトロンALS 8.3.120.979741, 1.019859
検出器
タイプID検出器日付
ADSC1CCD2005年1月21日
ADSC2CCD2005年1月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.991871
20.9797411
31.0198591
反射解像度: 1.7→37.81 Å / Num. obs: 45259 / % possible obs: 81.56 % / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 29.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 20.66
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 4044 / % possible all: 73.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7→37.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. IT WAS NOT POSSIBLE TO TRACE RESIDUES 122-201 IN EACH CHAIN. PFAM ANALYSIS OF THE SEQUENCE INDICATES THAT THIS REGION IS COMPOSED OF AN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. IT WAS NOT POSSIBLE TO TRACE RESIDUES 122-201 IN EACH CHAIN. PFAM ANALYSIS OF THE SEQUENCE INDICATES THAT THIS REGION IS COMPOSED OF AN ACT DOMAIN. MASS SPECTROSCOPY INDICATES THAT THE PROTEIN IS COMPLETE, SUGGESTING THAT THIS REGION IS DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26992 2336 5.1 %RANDOM
Rwork0.24563 ---
obs0.24687 43645 80.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.31 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 0 242 2228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.9612798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88234453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8245240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.95524.386114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38315404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8561516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.22039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3360.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.121.51519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2251.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23621981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3113942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2944.5817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2985
LS精密化 シェル解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 143 5.23 %
Rwork0.214 2591 -
obs--65.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0152-0.66680.84351.8768-0.55712.3132-0.04930.04050.08360.0461-0.031-0.1448-0.16250.00280.0804-0.0308-0.00370.0107-0.1773-0.0061-0.1874-44.768-0.248-12.92
23.921.0444-0.50861.8986-0.12021.5924-0.0338-0.0984-0.09550.0481-0.0468-0.1350.14910.00470.0806-0.03730.00370.0376-0.1689-0.0032-0.1714-46.332-24.153-5.32
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 13 - 133

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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