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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vr9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A CBS DOMAIN PAIR/ACT DOMAIN PROTEIN (TM0892) FROM THERMOTOGA MARITIMA AT 1.70 A RESOLUTION | ||||||
要素 | CBS domain protein/ACT domain proteinCBSドメイン | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of CBS domain protein/ACT domain protein (TM0892) from Thermotoga maritima at 1.70 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vr9.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vr9.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24665.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM0892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZZ4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→37.81 Å / Num. obs: 45259 / % possible obs: 81.56 % / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 29.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 20.66 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 4044 / % possible all: 73.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7→37.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. IT WAS NOT POSSIBLE TO TRACE RESIDUES 122-201 IN EACH CHAIN. PFAM ANALYSIS OF THE SEQUENCE INDICATES THAT THIS REGION IS COMPOSED OF AN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. IT WAS NOT POSSIBLE TO TRACE RESIDUES 122-201 IN EACH CHAIN. PFAM ANALYSIS OF THE SEQUENCE INDICATES THAT THIS REGION IS COMPOSED OF AN ACT DOMAIN. MASS SPECTROSCOPY INDICATES THAT THE PROTEIN IS COMPLETE, SUGGESTING THAT THIS REGION IS DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.729 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 13 - 133
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