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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vq8 | |||||||||
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タイトル | The structure of CCDA-PHE-CAP-BIO and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / ribosome 50S / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / RNA-RNA COMPLEX / PROTEIN-RNA COMPLEX / PEPTIDYL TRANSFERASE REACTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmeing, T.M. / Steitz, T.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction. 著者: Schmeing, T.M. / Huang, K.S. / Kitchen, D.E. / Strobel, S.A. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vq8.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vq8.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vq8_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vq8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1vq8_validation.xml.gz | 313.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vq8_validation.cif.gz | 496.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 094
#1: RNA鎖 | 分子量: 946090.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 1138.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CCdeoxyA-PHE-CAPROIC ACID BIOTIN OLIGOMER |
+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 ABCDEFHJKLMNOPQRSTUVWXYZ123I
-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#10: タンパク質 | 分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P15825 |
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-非ポリマー , 8種, 7956分子
#33: 化合物 | ChemComp-MG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-NA / #36: 化合物 | ChemComp-CL / #37: 化合物 | ChemComp-SR / #38: 化合物 | ChemComp-SPS / | #39: 化合物 | ChemComp-CD / #40: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 1781027 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb entry 1S72 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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