PDB-1vpu: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE HIV-1 VPU CYTOPLASMIC DOMAIN, 9 STR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vpu

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE HIV-1 VPU CYTOPLASMIC DOMAIN, 9 STRUCTURES

要素

VPU PROTEIN

キーワード

AIDS / HIV / VPU

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor catabolic process / CD4 receptor binding / viral release from host cell / host cell membrane / monoatomic cation channel activity / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Willbold, D. / Hoffmann, S. / Rosch, P.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: Secondary structure and tertiary fold of the human immunodeficiency virus protein U (Vpu) cytoplasmic domain in solution.
著者: Willbold, D. / Hoffmann, S. / Rosch, P.

履歴

登録	1997年1月28日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vpu.cif.gz	127.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vpu.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vpu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vpu_validation.pdf.gz	342.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vpu_full_validation.pdf.gz	407 KB	表示
XML形式データ	1vpu_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	1vpu_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vpu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t1k-d 1b19-d 1bq9-d 6s7m-6 2vut-17 6s34-d 6ivs-d 1cph-d 1mhi-d 1cad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VPU PROTEIN

5.11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	9 / 25	ENERGY, AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	VPU PROTEIN / VPU(39-81) 分子量: 5111.440 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN RESIDUES 39 - 81 / 変異: R37L, K38Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF162 ISOLATE / 細胞株: BL21 / 遺伝子: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET16B (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19554

#1: タンパク質・ペプチド

VPU PROTEIN / VPU(39-81)

分子量: 5111.440 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN RESIDUES 39 - 81 / 変異: R37L, K38Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: SF162 ISOLATE / 細胞株: BL21 / 遺伝子: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET16B (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19554

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY (100
1	2	1	150
1	3	1	200 MS MIXING TIME)

NMR実験の詳細

Text: REPRESENTATIVE MODEL NUMBER: 3

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	分類
NDEE	構造決定
X-PLOR	構造決定
X-PLOR	精密化

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: ENERGY, AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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