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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vpu | ||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE HIV-1 VPU CYTOPLASMIC DOMAIN, 9 STRUCTURES | ||||||
![]() | VPU PROTEIN | ||||||
![]() | AIDS / HIV / VPU | ||||||
機能・相同性 | ![]() receptor catabolic process / CD4 receptor binding / viral release from host cell / host cell membrane / monoatomic cation channel activity / suppression by virus of host tetherin activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / lipid binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS | ||||||
![]() | Willbold, D. / Hoffmann, S. / Rosch, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Secondary structure and tertiary fold of the human immunodeficiency virus protein U (Vpu) cytoplasmic domain in solution. 著者: Willbold, D. / Hoffmann, S. / Rosch, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 342.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 407 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5111.440 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN RESIDUES 39 - 81 / 変異: R37L, K38Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: SF162 ISOLATE / 細胞株: BL21 / 遺伝子: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET16B (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: REPRESENTATIVE MODEL NUMBER: 3 |
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試料調製
試料状態 | pH: 7.0 / 温度: 298 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 | ||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: ENERGY, AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA 計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 9 |