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- PDB-1vpt: AS11 VARIANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpt
タイトルAS11 VARIANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYL-L-METHIONINE
要素VP39
キーワードMETHYLTRANSFERASE / RNA CAP / POLY(A) POLYMERASE / VACCINIA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA methyltransferase-like / Poxvirus/kinetoplastid-type cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poxvirus cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poly A polymerase regulatory subunit / Poxvirus/kinetoplastid-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) family profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Shi, X. / Quiocho, F.A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: The 1.85 A structure of vaccinia protein VP39: a bifunctional enzyme that participates in the modification of both mRNA ends.
著者: Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Shi, X. / Quiocho, F.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Methyltransferase-Specific Domains within Vp39, a Bifunctional Enzyme which Participates in the Modification of Both Mrna Ends
著者: Shi, X. / Yao, P. / Jose, T. / Gershon, P.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Mutational Analysis of a Multifunctional Protein, with Mrna 5' CAP-Specific (Nucleoside-2'-O-)-Methyltransferase and 3'-Adenylyltransferase Stimulatory Activities, Encoded by Vaccinia Virus
著者: Schnierle, B.S. / Gershon, P.D. / Moss, B.
履歴
登録1996年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3242
ポリマ－39,9261
非ポリマー3981
水3,657203
1
A: VP39
ヘテロ分子

A: VP39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6494
ポリマ－79,8522
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.300, 67.800, 80.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-822-

HOH

21A-845-

HOH

31A-870-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 VP39 / POLY(A) POLYMERASE REGULATORY SUBUNIT


分子量: 39925.895 Da / 分子数: 1 / 変異: AS11 VARIANT (R140A, K142A, R143A) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
属: Orthopoxvirus / 株: WR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07617, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %PEG800011
20.125 M11AmSO4
30.1 Mcitrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月13日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→15 Å / Num. obs: 33404 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 88.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 208238 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 -10 %
Rwork0.215 --
obs0.215 28532 98.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2403 0 27 203 2633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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