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- PDB-1vp4: Crystal structure of a putative aminotransferase (tm1131) from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vp4
タイトルCrystal structure of a putative aminotransferase (tm1131) from thermotoga maritima msb8 at 1.82 A resolution
要素aminotransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Unknown ligand / Aminotransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Aminotransferase, putative (TM1131) from Thermotoga maritima at 1.82 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aminotransferase, putative
B: aminotransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,27039
ポリマ－98,1602
非ポリマー2,10937
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14470 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.125, 165.125, 68.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 413 / Label seq-ID: 13 - 425

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 aminotransferase, putative


分子量: 49080.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L5

-
非ポリマー , 5種, 390分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 20.0% PEG-3350, 0.2M NaFormate, 2.0mM n-Dodecyl-beta-D-maltoside, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.9794
シンクロトロンALS 8.2.121.0000,0.9796
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
211
30.97961
反射解像度: 1.82→28.41 Å / Num. obs: 94227 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.02 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 12449 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSautoデータ収集
SCALA4.2)データスケーリング
SHELXモデル構築
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.82→28.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 6.065 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS POOR DENSITY REGION AT B16-20. UNKNOWN LIGANDS MODELED NEAR PLP IN EACH MONOMER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20341 4716 5 %RANDOM
Rwork0.17902 ---
obs0.18022 89425 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 148 353 7036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.9919186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.877314704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5655834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71423.895285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.992151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.091538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.26582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23884
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.22634334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.61731721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.80156738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.41782798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.386112448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.23455
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2420.21
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 6287 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.360.5
medium thermal0.962
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.866 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 286 4.8 %
Rwork0.3 5671 -
obs--84.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40160.32120.07820.760.05310.2549-0.06090.0489-0.001-0.09650.04440.1035-0.0374-0.07710.0165-0.1634-0.0328-0.0032-0.20210.0111-0.2628-27.412117.8768.002
20.46210.0443-0.01360.84490.15270.5786-0.0661-0.06410.06460.12180.02210.0923-0.0975-0.09390.044-0.12310.0195-0.0146-0.20410.0158-0.2664-20.947142.10531.673
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 413 / Label seq-ID: 13 - 425

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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