+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vp3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE | ||||||
要素 | VP39 | ||||||
キーワード | METHYLTRANSFERASE / RNA CAP / POLY(A) POLYMERASE / VACCINIA / MRNA PROCESSING / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Specific protein recognition of an mRNA cap through its alkylated base. 著者: Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Shi, X. / Wang, S.M. / Quiocho, F.A. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: The 1.85 A Structure of Vaccinia Protein Vp39: A Bifunctional Enzyme that Participates in the Modification of Both Mrna Ends 著者: Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Shi, X. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vp3.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1vp3.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vp3_validation.pdf.gz | 716.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1vp3_full_validation.pdf.gz | 721.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vp3_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vp3_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vp3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40156.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 属: Orthopoxvirus / 株: WR / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07617, polynucleotide adenylyltransferase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: macro-seeding, Hodel, A.E., (1996) Cell(Cambridge,Mass.), 85, 247.手法: other | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月12日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 24966 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 27 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 27 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1VPT 解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |