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- PDB-1vmi: Crystal structure of Putative phosphate acetyltransferase (np_416... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmi
タイトルCrystal structure of Putative phosphate acetyltransferase (np_416953.1) from Escherichia coli k12 at 2.32 A resolution
要素putative phosphate acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / np_416953.1 / Putative phosphate acetyltransferase / structural genomics / JCSG / protein structure initiative / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / ethanolamine catabolic process / response to heat / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like / Rossmann fold - #10950 / Phosphate acetyltransferase / Phosphate acetyl/butyryltransferase / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Rossmann fold ...Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like / Rossmann fold - #10950 / Phosphate acetyltransferase / Phosphate acetyl/butyryltransferase / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate acetyltransferase EutD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative phosphate acetyltransferase (np_416953.1) from Escherichia coli k12 at 2.32 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE CLONING ARTIFACT: RESIDUE 1 OF THE GENE IS NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT. THE CONSTRUCT ...SEQUENCE CLONING ARTIFACT: RESIDUE 1 OF THE GENE IS NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT. THE CONSTRUCT HAS THE 13 AMINO ACID N-TERMINAL TAG FOLLOWED BY RESIDUES 2-338 OF THE EC5317A GENE PRODUCT AND A 5 AMINO ACID C-TERMINAL TAG.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5733
ポリマ－38,3891
非ポリマー1842
水1,63991
1
A: putative phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子

A: putative phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1466
ポリマ－76,7782
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area3830 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.307, 95.307, 175.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 putative phosphate acetyltransferase


分子量: 38388.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eutD, eutI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77218, phosphate acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 9.5
詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M CHES pH 9.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.9796
シンクロトロンALS 8.2.120.9796, 0.9794, 1.0000
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97941
311
反射解像度: 2.32→28.26 Å / Num. obs: 21138 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 60.11 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.32→2.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3011 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SHELXモデル構築
autoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.32→28.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 14.07 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.207
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24746 1085 5.1 %RANDOM
Rwork0.19419 ---
obs0.1968 20017 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20.54 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2397 0 12 91 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9813341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85535414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7345328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58523.70889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01115377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2431517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.22293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9211.51697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1671.5659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1722621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4773852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6094.5720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21215
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 88 5.76 %
Rwork0.274 1441 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37652.45440.50613.5750.5843.00970.07090.12520.2968-0.104-0.09910.1354-0.54290.17050.0281-0.0743-0.00410.0305-0.1729-0.0557-0.1033-3.134739.968912.6246
23.2030.69620.64922.363.06634.00560.08360.2577-0.5742-0.05160.1969-0.35460.29970.2087-0.2804-0.08740.03380.001-0.0932-0.09160.0479-0.253720.262110.5063
33.70331.751-0.42789.4125-1.13255.25470.04220.25410.1970.0692-0.0037-0.1295-0.11490.3983-0.0386-0.07270.0197-0.0796-0.0597-0.0273-0.1377.768629.927231.999
43.26230.6623-0.48562.20611.5933.7608-0.06430.0014-0.08540.05050.1969-0.54140.26171.2273-0.1327-0.04150.0923-0.11780.2223-0.04960.041515.128326.767942.849
50.8056-0.61051.40410.6815-1.71794.40080.03780.149-0.0603-0.00130.0567-0.1051-0.13560.0271-0.0945-0.0861-0.0647-0.0158-0.1175-0.0605-0.0758-1.013933.801127.9864
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11-6 - 707 - 82
2271 - 14783 - 159
33148 - 195160 - 207
44196 - 268208 - 280
55269 - 323281 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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