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- PDB-1vlg: Crystal structure of Ferritin (TM1128) from Thermotoga maritima a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlg
タイトルCrystal structure of Ferritin (TM1128) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
要素ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / TM1128 / FERRITIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ferritin (TM1128) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
G: ferritin
H: ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,52839
ポリマ－166,9088
非ポリマー2,62031
水11,728651
1
A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
G: ferritin
H: ferritin
ヘテロ分子

A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
G: ferritin
H: ferritin
ヘテロ分子

A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
G: ferritin
H: ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,585117
ポリマ－500,72324
非ポリマー7,86193
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area85720 Å2
ΔGint-1207 kcal/mol
Surface area152670 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)175.634, 175.634, 354.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
ferritin


分子量: 20863.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.024664
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.024664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→87.73 Å / Num. obs: 140898 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 38.06 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MOLREP位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EUM

1eum


解像度: 2→87.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.78 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. STRANGE DENSITY NEAR RESIDUE A23. GLYCEROL AND SULFATE ION IN THE MODEL ARE DERIVED FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 7069 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 133805 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0.34 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→87.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10902 0 132 651 11685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02111308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.94915222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803323094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.81451320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3825.072621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.941152079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8521553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.29696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.25658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.25926
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.010.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4237250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.54832696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.042510527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.97985326
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.741114695
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 552 -
Rwork0.229 9755 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7004-0.15350.95310.698-0.05352.57720.0397-0.18510.08980.0923-0.1305-0.05170.4499-0.33090.0908-0.0701-0.13140.0525-0.0516-0.0153-0.164539.5728132.1143147.6761
21.6361-0.26880.17850.7169-0.28380.41550.00780.02880.22080.0446-0.0308-0.06990.0020.09180.023-0.1501-0.00060.0086-0.169-0.0192-0.126120.078795.125101.6733
30.1973-0.03090.26762.471-0.34911.57420.1355-0.1251-0.07260.16280.07780.1683-0.07-0.0452-0.2133-0.1193-0.0377-0.0764-0.04450.0545-0.077948.492798.9172159.1525
40.81530.8120.07231.53730.09341.14850.03560.0331-0.0768-0.12940.1172-0.07270.04120.0378-0.1529-0.0943-0.0061-0.1081-0.10480.025-0.064847.916790.3582135.3837
50.64070.54040.63371.06390.23990.84790.1273-0.08660.00170.1432-0.1211-0.09490.12190.0081-0.0063-0.11150.0104-0.0077-0.1605-0.028-0.129724.642473.259113.5978
62.4486-0.45021.03210.99630.0540.7152-0.1064-0.72370.33620.16870.014-0.0159-0.0678-0.2940.0924-0.1252-0.0460.02390.1802-0.1915-0.052619.9479148.0129147.2422
72.4137-0.8984-1.67151.27770.89631.79790.2119-0.035-0.108-0.2617-0.22450.228-0.35710.0220.01250.0333-0.0383-0.1259-0.065-0.016-0.082230.8279121.7971181.7764
81.98080.4438-0.43951.2979-0.22050.6426-0.0895-0.3286-0.4768-0.005-0.1324-0.01880.0040.19340.2219-0.0660.013-0.0506-0.01370.0880.125221.051102.1161194.4138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 164
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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