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- PDB-1vla: Crystal structure of Hydroperoxide resistance protein OsmC (TM091... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vla
タイトルCrystal structure of Hydroperoxide resistance protein OsmC (TM0919) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution
要素Hydroperoxide resistance protein OsmC
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM0919 / HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN OSMC / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich ...OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OsmC/Ohr family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Hydroperoxide resistance protein OsmC (TM0919) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroperoxide resistance protein OsmC
B: Hydroperoxide resistance protein OsmC
C: Hydroperoxide resistance protein OsmC
D: Hydroperoxide resistance protein OsmC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6494
ポリマ－71,6494
非ポリマー00
水8,359464
1
A: Hydroperoxide resistance protein OsmC
B: Hydroperoxide resistance protein OsmC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8252
ポリマ－35,8252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
2
C: Hydroperoxide resistance protein OsmC
D: Hydroperoxide resistance protein OsmC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8252
ポリマ－35,8252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.754, 39.789, 110.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: 4

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNAA1 - 13813 - 150
2ASNASNBB1 - 13813 - 150
3ASNASNCC1 - 13813 - 150
4GLUGLUDD1 - 13713 - 149

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要素

#1: タンパク質
Hydroperoxide resistance protein OsmC


分子量: 17912.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0919 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X021
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月30日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.32 Å / Num. obs: 51597 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25.37 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3615 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ml8

1ml8


解像度: 1.8→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.362 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. UNEXPLAINED RINGSHAPED CONTINUOUS DENSITY MODELED AS WATER CHAINS ADJACENT TO NZ OF K32 IN ALL FOUR CHAINS A, B, C, D.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 2629 5.1 %RANDOM
Rwork0.17034 ---
obs0.17292 48955 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 0 464 4940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9556229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00439928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0895561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77523.781201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6615891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.81526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.24480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.19133017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.72531143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63554596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.02181961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.839111632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22208
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1984 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.320.5
2Bmedium positional0.350.5
3Cmedium positional0.320.5
4Dmedium positional0.310.5
1Amedium thermal1.032
2Bmedium thermal1.032
3Cmedium thermal0.932
4Dmedium thermal1.12
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 161 4.47 %
Rwork0.233 3442 -
obs--94.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88520.3676-0.57671.623-0.59111.74610.0242-0.00810.0198-0.1475-0.0225-0.0587-0.016-0.1573-0.0016-0.13290.0154-0.0005-0.0717-0.0031-0.1247-4.7926.5733.316
20.562-0.18450.33661.56330.22373.40450.02840.0393-0.07180.0689-0.06590.02810.2184-0.10510.0375-0.1185-0.0035-0.0007-0.07470.0011-0.108-5.9-4.98820.904
31.076-0.40830.06012.02840.98313.79810.09810.1483-0.034-0.0973-0.03170.1447-0.1526-0.1759-0.0664-0.1401-0.0001-0.00760.0142-0.0132-0.0257-19.2390.60517.897
40.93080.23780.28011.8091.0822.32490.07520.0255-0.0855-0.1236-0.002-0.06550.03560.0404-0.0732-0.1270.0105-0.0045-0.14670.0103-0.13845.349-9.96818.445
50.8103-0.1072-0.55470.89210.31692.57410.0615-0.10620.08510.0625-0.0012-0.0343-0.05510.0691-0.0603-0.1511-0.01120.0059-0.1172-0.0022-0.13385.3389.47338.147
62.42390.62451.78161.27550.10772.22290.1165-0.5072-0.07510.1454-0.02320.08780.0628-0.3667-0.0934-0.1168-0.0040.02030.1520.033-0.0235-32.3790.0239.578
72.2-0.2845-0.36911.44870.08262.36550.1210.26690.0758-0.080.01830.062-0.0107-0.0721-0.1393-0.11730.0096-0.0160.04550.0373-0.0526-30.5734.00912.601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4A37 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5B37 - 138
6X-RAY DIFFRACTION6C37 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7D37 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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