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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vla | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Hydroperoxide resistance protein OsmC (TM0919) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution | ||||||
![]() | Hydroperoxide resistance protein OsmC | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TM0919 / HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN OSMC / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich ...OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Hydroperoxide resistance protein OsmC (TM0919) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ml8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: 4
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17912.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MSB8 / 遺伝子: TM0919 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→29.32 Å / Num. obs: 51597 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25.37 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3615 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 94.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ml8 解像度: 1.8→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.362 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. UNEXPLAINED RINGSHAPED CONTINUOUS DENSITY MODELED AS WATER CHAINS ADJACENT TO NZ OF K32 IN ALL FOUR CHAINS A, B, C, D.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.642 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.32 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1984 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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