PDB-1vl0: CRYSTAL STRUCTURE OF A DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE, RFBD ORT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vl0

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE, RFBD ORTHOLOG (CA_C2315) FROM CLOSTRIDIUM ACETOBUTYLICUM ATCC 824 AT 2.05 A RESOLUTION

要素

DTDP-4-dehydrorhamnose reductase, rfbD ortholog

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE / RFBD ORTHOLOG / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium acetobutylicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DTDP-4-dehydrorhamnose reductase, rfbD ortholog (CAC2315) from Clostridium acetobutylicum at 2.05 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vl0.cif.gz	184.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vl0.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vl0_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vl0_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	1vl0_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	1vl0_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ys6-d 5v7v-d 6e47-d 6h6l-2 5ldj-d 4a8h-2 6h6l-1 3txx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 355809

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DTDP-4-dehydrorhamnose reductase, rfbD ortholog

B: DTDP-4-dehydrorhamnose reductase, rfbD ortholog

C: DTDP-4-dehydrorhamnose reductase, rfbD ortholog

ヘテロ分子

102 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.800, 130.670, 151.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 279 / Label seq-ID: 13 - 291

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

#1: タンパク質	DTDP-4-dehydrorhamnose reductase, rfbD ortholog 分子量: 33265.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア) 株: ATCC 824 / 遺伝子: CAC2315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97GQ1
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.64	53.4
2	2.62	52.64

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	0.06M MES, 0.04M MES_Na, 2% NP_PEG MME 2000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	0.06M MES, 0.04M MES_Na, 2% NP_PEG MME 2000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	1
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2		0.9795,0.9796

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月10日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double Crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9795	1
3	0.9796	1

反射

解像度: 2.05→19.99 Å / Num. obs: 66292 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 9628 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	(CCP4 4.2)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.2.0003	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.071 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN UNKNOWN ENTITY BOUND TO CHAIN A WAS ASSIGNED AS UNKNOWN LIGAND, UNL. 3. OCCUPANCY FOR THE NADH BOUND TO CHAIN A WAS SET TO 0.5.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20701	2667	4 %	RANDOM
R_work	0.16921	-	-	-
obs	0.17072	63619	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6583	0	149	451	7183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.971	9369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	3	14372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.811	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.445	25.522	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.012	15	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.169	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	5905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.322	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.181	3	4519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.32	3	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.779	5	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.138	8	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.85	11	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	3399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.11	0.2	1

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4142 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.04	0.05
2	B	tight positional	0.04	0.05
3	C	tight positional	0.04	0.05
1	A	tight thermal	0.2	0.5
2	B	tight thermal	0.2	0.5
3	C	tight thermal	0.19	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	191	3.92 %
R_work	0.274	4678	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3562	0.0796	0.305	0.2724	0.2935	1.1612	0.0251	-0.0264	-0.0316	0.025	-0.0326	0.0102	0.1643	-0.0896	0.0075	-0.0812	-0.0741	0.0173	0.0115	0.0214	0.0012	25.611	27.796	11.596
2	0.9839	-0.2002	-0.3172	0.8316	-0.4413	2.1822	-0.0025	-0.0255	-0.1117	-0.0067	-0.0366	-0.0084	0.4025	0.1768	0.0392	-0.1022	-0.0018	0.023	-0.0497	0.0125	-0.1084	38.611	24.609	31.698
3	0.4276	0.2853	-0.0521	0.5868	0.0666	0.8746	0.0212	-0.0109	0.0598	-0.0717	-0.0125	0.0106	-0.0804	-0.076	-0.0086	-0.0953	-0.0069	0.0167	-0.0509	0.001	0.0362	28.979	49.292	-10.545
4	1.2777	0.4656	0.0943	2.6229	0.3417	1.7619	0.0212	0.0872	0.2604	-0.3743	0.0901	-0.3405	-0.2961	0.1745	-0.1113	-0.0852	-0.1087	0.1139	-0.1088	-0.0154	0.0949	45.574	65.849	-16.553
5	0.5454	-0.1255	0.058	0.943	-0.2363	0.8501	-0.0183	0.0123	-0.1018	-0.1162	-0.0021	-0.0805	0.2325	-0.0309	0.0204	-0.0064	-0.0455	0.0175	-0.0152	-0.0168	0.013	27.681	19.146	-18.226
6	2.6354	-1.4044	-0.2671	2.47	0.2325	4.0079	0.0607	0.4555	-0.2238	-0.2326	-0.1105	-0.2539	0.4651	0.5624	0.0498	0.1648	0.0787	0.1296	0.1106	-0.0915	0.0945	42.576	3.027	-28.086
7	8.2557	4.4312	8.5026	2.5793	3.527	14.1071	-0.1051	0.1016	-0.2085	0.4158	0.4965	0.2387	0.2893	-0.1555	-0.3914	0.0454	-0.0529	-0.0325	-0.0849	0.0058	0.0918	26.58	20.471	16.305
8	8.9175	7.7681	-5.2295	10.7274	-7.255	4.9068	0.4393	-0.2446	0.2886	-0.3723	-0.3355	0.5652	-0.7425	0.1369	-0.1038	0.0564	-0.1469	0.0032	-0.0438	-0.0444	0.0359	30.743	56.794	-6.351
9	0.8031	2.8784	1.4836	10.3162	5.3173	2.7407	0.1626	0.3316	0.3046	-1.4137	0.1587	-0.6979	0.4936	-0.1702	-0.3213	0.0395	-0.0144	0.1328	0.0498	-0.0175	0.1151	30.228	18.623	-26.723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 152
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	179 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	247 - 267
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	153 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	213 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	268 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	179 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	247 - 267
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	153 - 178
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	213 - 246
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	268 - 280
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 152
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	179 - 212
15	X-RAY DIFFRACTION	5	C	247 - 267
16	X-RAY DIFFRACTION	6	C	153 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	6	C	213 - 246
18	X-RAY DIFFRACTION	6	C	268 - 280
19	X-RAY DIFFRACTION	7	A	300
20	X-RAY DIFFRACTION	8	B	300
21	X-RAY DIFFRACTION	9	C	300

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関連情報:EMDBヘッダ

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