PDB-1vki: Crystal structure of a putative oligo-nucleotide binding protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vki

タイトル

Crystal structure of a putative oligo-nucleotide binding protein (atu3699, agr_l_2275) from agrobacterium tumefaciens str. c58 at 1.60 A resolution

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN ATU3699

キーワード

TRANSLATION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoacyl-tRNA deacylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (ATU3699) from Agrobacterium tumefaciens at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vki.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vki.ent.gz	67.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vjfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6t29-d 5rsb-d 5s1m-d 5s18-d 5rsy-d 5s3h-d 5rsi-d 4aa9-d 5k1l-d 3ttl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 354222

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN ATU3699

B: HYPOTHETICAL PROTEIN ATU3699

ヘテロ分子

40.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.997, 64.848, 77.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 169 / Label seq-ID: 17 - 181

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN ATU3699 分子量: 20051.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: ATU3699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U9M7, UniProt: A9CFJ8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 20.025% PEG 8000, 0.08M HEPES, 0.02M HEPES_Na , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月1日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 44165 / % possible obs: 95.39 % / 冗長度: 2.56 % / B_iso Wilson estimate: 20.66 Å² / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 19.88
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.76 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3277 / R_sym value: 0.303 / % possible all: 71.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0001	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VJF

1vjf

解像度: 1.6→49.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. TWO SULFATE IONS COULD BE SOMETHING ELSE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18496	2209	5 %	RANDOM
R_work	0.15201	-	-	-
obs	0.15366	41937	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	-0.57 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2550	0	34	510	3094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.962	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	5727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.675	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.143	24.867	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.978	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.524	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.108	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.236	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.203	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.22	3	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.581	3	676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.63	5	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.59	8	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.451	11	895

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2410 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.33	0.5
medium thermal	0.72	2

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	121	5.23 %
R_work	0.213	2191	-

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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