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- PDB-1vk2: Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase (TM0511) from Thermot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vk2
タイトルCrystal structure of Uracil-DNA glycosylase (TM0511) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution
要素Uracil-DNA glycosylase TM0511
キーワードHYDROLASE / TM0511 / URACIL-DNA GLYCOSYLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 4 / : / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Type-4 uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase (TM0511) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN AN UNIDENTIFIED ENTITY AT THE ACTIVE SITE IS MODELED AS A UNL, UNKNOWN LIGAND, RESIDUE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase TM0511
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4873
ポリマ－23,1351
非ポリマー3522
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.049, 61.049, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase TM0511


分子量: 23135.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYY1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8.5
詳細: TRIS pH 8.5, 8% PEG-8000, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K. cryo condition: 25% PEG-200.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0000, 0.9796, 0.9794
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月3日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.97941
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 19816 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 7.87 % / Biso Wilson estimate: 37.82 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.15
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.13 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 1938 / Rsym value: 0.841 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
autoSHARP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.88 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.117
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AN FE4S4 LIGAND IS COVALENTLY BOUND TO CYS18A, CYS21A, CYS89A and CYS105A OF THE PROTEIN. AN UNIDENTIFIED ENTITY AT THE ACTIVE SITE IS MODELED AS UNL RESIDUE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20573 1013 5.1 %RANDOM
Rwork0.17743 ---
obs0.17886 18702 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1479 0 11 114 1604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.9832061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86733303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935189
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.21682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2924
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0440.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3530.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0393946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.69151539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4198570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.48311510
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 72 5.12 %
Rwork0.258 1334 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.708 Å / Origin y: 21.5221 Å / Origin z: 73.6181 Å
111213212223313233
T0.0066 Å2-0.0035 Å20.0035 Å2-0.0575 Å2-0.0075 Å2--0.0393 Å2
L1.7978 °2-0.3729 °2-0.9715 °2-1.7406 °20.0869 °2--2.3389 °2
S0.1389 Å °0.1117 Å °-0.0024 Å °-0.061 Å °-0.097 Å °0.1638 Å °-0.1049 Å °-0.142 Å °-0.0419 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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