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万見
- PDB-1vj0: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase (TM0436) from Thermoto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vj0
タイトルCrystal structure of Alcohol dehydrogenase (TM0436) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
要素alcohol dehydrogenase, zinc-containing
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM0436 / ALCOHOL DEHYDROGENASE / ZINC-CONTAINING / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase (TM0436) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2003年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 600HETEROGEN WATER CHAINS AND CLUSTERS HAVE BEEN MODELED AS RESIDUE TYPE UNL WITH OXYGEN ATOMS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alcohol dehydrogenase, zinc-containing
B: alcohol dehydrogenase, zinc-containing
C: alcohol dehydrogenase, zinc-containing
D: alcohol dehydrogenase, zinc-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,80916
ポリマ－168,2864
非ポリマー52312
水21,2221178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14160 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area50240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.880, 104.919, 161.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1METMETAA2 - 36714 - 379
2LEULEUBB4 - 36716 - 379
3LEULEUCC4 - 36716 - 379
4GLYGLYDD3 - 36715 - 379

-
要素

#1: タンパク質
alcohol dehydrogenase, zinc-containing


分子量: 42071.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYR7, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 8.5 Bicine 35 PEG-400 10 Glycerol 5 PEG-3000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→92.86 Å / Num. obs: 106273 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 33.62 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 7342 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→80.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.32 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.136
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CONTINUOUS DENSITY THAT WAS SIMILAR IN ALL FOUR NCS ACTIVE SITES WAS MODELED AS RESIDUE TYPE UNL, UNKNOWN LIGAND, WITH OXYGEN ATOMS, ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CONTINUOUS DENSITY THAT WAS SIMILAR IN ALL FOUR NCS ACTIVE SITES WAS MODELED AS RESIDUE TYPE UNL, UNKNOWN LIGAND, WITH OXYGEN ATOMS, AND REFINED WITHOUT BUMPING RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 2093 2 %RANDOM
Rwork0.14539 ---
obs0.14637 104062 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→80.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11253 0 20 1178 12451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02211544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.96215655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.871325032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11951447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71423.517489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.481151992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8071586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.210908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.27075
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.57793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2951.52984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.492211682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5934677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9294.53946
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.385
2Bloose positional0.365
3Cloose positional0.425
4Dloose positional0.45
1Aloose thermal1.515
2Bloose thermal1.1615
3Cloose thermal1.5215
4Dloose thermal1.3615
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 141 1.92 %
Rwork0.171 7193 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16870.55-0.28391.3698-0.09510.8343-0.0035-0.0277-0.10260.0211-0.0190.00870.1955-0.08130.0225-0.0929-0.0056-0.0125-0.1044-0.0064-0.09491.99869.293258.6482
21.52920.190.16630.75440.64031.5017-0.0210.0137-0.17920.0118-0.0297-0.05940.15190.08850.0507-0.10650.00920.0243-0.18040.0127-0.129929.70626.703551.1408
31.1851-0.1935-0.35611.31060.04020.98380.084-0.07870.2230.0164-0.01270.1048-0.2141-0.1264-0.0713-0.07710.00140.0324-0.08230.0069-0.07527.301448.531667.8284
41.29380.3228-0.04231.12070.37161.45820.03110.07420.1724-0.0696-0.0214-0.0229-0.15220.0812-0.0097-0.1484-0.00130.0052-0.18160.0169-0.110928.456751.107348.4283
51.604-0.22730.41870.6498-0.18810.82030.0257-0.10830.07240.0223-0.0069-0.16030.00050.1213-0.0188-0.1057-0.00490.0198-0.09330.0228-0.070459.768631.780955.7167
61.2740.117-0.07281.29150.26451.3170.012-0.1524-0.03470.1291-0.0038-0.00480.08130.0325-0.0082-0.1560.0131-0.0035-0.14130.0156-0.153236.38424.81570.8092
71.4284-0.2419-0.12180.9390.34511.18540.080.43510.0749-0.316-0.08880.0007-0.1031-0.03360.0087-0.01640.060.0073-0.00890.0352-0.092240.144225.73520.3214
81.62460.1327-0.17661.52790.36951.11560.04280.19140.0081-0.1128-0.01950.1794-0.0504-0.1063-0.0233-0.11780.0213-0.0192-0.140.0079-0.143315.107332.929232.2795
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 16714 - 179
21AA314 - 367326 - 379
32AA168 - 313180 - 325
43BB4 - 16716 - 179
53BB314 - 367326 - 379
64BB168 - 313180 - 325
75CC4 - 16716 - 179
85CC314 - 367326 - 379
96CC168 - 313180 - 325
107DD3 - 16715 - 179
117DD314 - 367326 - 379
128DD168 - 313180 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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