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万見
- PDB-1vfn: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vfn
タイトルPURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
要素PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
キーワードNUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Koellner, G. / Bzowska, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a complex with hypoxanthine at 2.15 A resolution.
著者: Koellner, G. / Luic, M. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Calf Spleen Purine Nucleoside Phosphorylase: Purification, Sequence and Crystal Structure of its Complex with an N(7)-Acycloguanosine Inhibitor
著者: Bzowska, A. / Luic, M. / Schroder, W. / Shugar, D. / Saenger, W. / Koellner, G.
履歴
登録1996年10月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5394
ポリマ－31,3131
非ポリマー2263
水2,324129
1
A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,61612
ポリマ－93,9383
非ポリマー6779
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area8260 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA, PQS
2
A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,61612
ポリマ－93,9383
非ポリマー6779
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area3100 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area35170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.110, 94.110, 94.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-434-

ZN

21A-432-

HOH

31A-433-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PURINE-NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE


分子量: 31312.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: SPLEEN / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 8
詳細: 16%(W/V) PEG 4000, 0.04M TRIS-HCL BUFFER PH 8.2-8.5, 0.08M MGCL2, pH 8.0
PH範囲: 8.2-8.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.6-8 mg/mlPNP-hypoxanthine1drop
26.6 mMsodium citrate1drop
30.6 mMbeta-mercaptoethanol1drop
43.6-5.3 %(w/v)PEG40001drop
50.01 MTris-HCl1drop
60.03 M1dropMgCl2
711-16 %(w/v)PEG40001reservoir
80.04 MTris-HCl1reservoir
90.08 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.9204
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9204 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 15158 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ULB

1ulb


解像度: 2.15→20 Å / Isotropic thermal model: TNT PACKAGE / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: TNT PACKAGE /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18 --
obs-15158 98.4 %
溶媒の処理溶媒モデル: TNT PACKAGE / Bsol: 173 Å2 / ksol: 0.665 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 0 12 129 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0221570.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.829013
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d26.1127730
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.005530.02
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0113170.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.8582146
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.02640
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0110.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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