[日本語] English
万見
- PDB-1vf7: Crystal structure of the membrane fusion protein, MexA of the mul... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vf7
タイトルCrystal structure of the membrane fusion protein, MexA of the multidrug transporter
要素Multidrug resistance protein mexA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha hairpin / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance protein MexA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Akama, H. / Matsuura, T. / Kashiwagi, S. / Yoneyama, H. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A. / Nakae, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the membrane fusion protein, MexA, of the multidrug transporter in Pseudomonas aeruginosa
著者: Akama, H. / Matsuura, T. / Kashiwagi, S. / Yoneyama, H. / Narita, S. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A. / Nakae, T.
履歴
登録2004年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 13chain(s) ...BIOMOLECULE: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 13chain(s). See remark 350 for information on generating the biological molecule(s). Gel filtration and ultracentrifuge experiments suggest that majority of MexA structure is monomer or dimer in solution.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein mexA
B: Multidrug resistance protein mexA
C: Multidrug resistance protein mexA
D: Multidrug resistance protein mexA
E: Multidrug resistance protein mexA
F: Multidrug resistance protein mexA
G: Multidrug resistance protein mexA
H: Multidrug resistance protein mexA
I: Multidrug resistance protein mexA
J: Multidrug resistance protein mexA
K: Multidrug resistance protein mexA
L: Multidrug resistance protein mexA
M: Multidrug resistance protein mexA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,53713
ポリマ－516,53713
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38730 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area140750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.03, 180.35, 214.23
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein mexA / Membrane fusion protein MexA


分子量: 39733.590 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pMMB67HE / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株 (発現宿主): TNP070 / 参照: UniProt: P52477

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: HEPES, Tris, glycerol, MPD, PEG 1000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 365653 / Num. obs: 365573 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 62.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 36418

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.322 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 18428 5 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.259 ---
obs0.259 346530 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20.47 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23655 0 0 0 23655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02223968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.95532505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99453072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.09424.9831166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.731154099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.03815195
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.23738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.29913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.191.515840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.957224570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.15139117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0464.57935
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.404→2.466 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 1310
Rwork0.357 24847

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る