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- PDB-1vf6: 2.1 Angstrom crystal structure of the PALS-1-L27N and PATJ L27 he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vf6
タイトル2.1 Angstrom crystal structure of the PALS-1-L27N and PATJ L27 heterodimer complex
要素
  • MAGUK p55 subfamily member 5
  • PALS1-associated tight junction protein
キーワードPROTEIN BINDING/PROTEIN TRANSPORT / L27 domain / heterodimer / four-helical bundle / coiled-coil / hydrophobic packing interactions / PROTEIN BINDING-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to myelin sheath abaxonal region / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / myelin sheath adaxonal region / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / GMP kinase activity / establishment of apical/basal cell polarity ...protein localization to myelin sheath abaxonal region / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / myelin sheath adaxonal region / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / GMP kinase activity / establishment of apical/basal cell polarity / plasma membrane organization / lateral loop / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / apical junction complex / central nervous system neuron development / bicellular tight junction / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cerebral cortex development / centriolar satellite / apical part of cell / cell junction / intracellular protein localization / perikaryon / gene expression / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
L27 domain / L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / L27-2 / L27_2 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / : ...L27 domain / L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / L27-2 / L27_2 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
InaD-like protein / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, Y. / Lavie, A. / Margolis, B. / Karnak, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for L27 domain-mediated assembly of signaling and cell polarity complexes.
著者: Li, Y. / Karnak, D. / Demeler, B. / Margolis, B. / Lavie, A.
履歴
登録2004年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年12月7日Group: Other
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PALS1-associated tight junction protein
B: PALS1-associated tight junction protein
C: MAGUK p55 subfamily member 5
D: MAGUK p55 subfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5644
ポリマ－35,5644
非ポリマー00
水1,69394
1
A: PALS1-associated tight junction protein
C: MAGUK p55 subfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7822
ポリマ－17,7822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
2
B: PALS1-associated tight junction protein
D: MAGUK p55 subfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7822
ポリマ－17,7822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7000 Å2
手法PISA
3
A: PALS1-associated tight junction protein
B: PALS1-associated tight junction protein
C: MAGUK p55 subfamily member 5
D: MAGUK p55 subfamily member 5

A: PALS1-associated tight junction protein
B: PALS1-associated tight junction protein
C: MAGUK p55 subfamily member 5
D: MAGUK p55 subfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1298
ポリマ－71,1298
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area14270 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.060, 111.060, 193.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 PALS1-associated tight junction protein / PALS-1


分子量: 9537.022 Da / 分子数: 2 / 断片: L27N domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pACYCDuet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NI35
#2: タンパク質 MAGUK p55 subfamily member 5 / PATJ / Protein associated with Lin-7 1


分子量: 8245.114 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pACYCDuet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JLB2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.94 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulfate, glycerol, CHAPS, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 25593 / Num. obs: 25593 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 1236 RANDOM
Rwork0.242 --
obs0.242 24357 -
all-24357 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1773 0 0 94 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0057
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9184
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.13 Å / Rfactor Rfree: 0.338 / Rfactor Rwork: 0.335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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