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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vf6 | ||||||
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タイトル | 2.1 Angstrom crystal structure of the PALS-1-L27N and PATJ L27 heterodimer complex | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING/PROTEIN TRANSPORT / L27 domain / heterodimer / four-helical bundle / coiled-coil / hydrophobic packing interactions / PROTEIN BINDING-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to myelin sheath abaxonal region / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / microtubule organizing center organization / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / guanylate kinase activity ...protein localization to myelin sheath abaxonal region / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / microtubule organizing center organization / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / guanylate kinase activity / plasma membrane organization / lateral loop / myelin sheath adaxonal region / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Schmidt-Lanterman incisure / peripheral nervous system myelin maintenance / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / apical junction complex / generation of neurons / central nervous system neuron development / centriolar satellite / bicellular tight junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein localization to plasma membrane / adherens junction / protein localization / cerebral cortex development / apical part of cell / cell junction / gene expression / perikaryon / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y. / Lavie, A. / Margolis, B. / Karnak, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for L27 domain-mediated assembly of signaling and cell polarity complexes. 著者: Li, Y. / Karnak, D. / Demeler, B. / Margolis, B. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9537.022 Da / 分子数: 2 / 断片: L27N domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 8245.114 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.94 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, glycerol, CHAPS, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.5K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0722 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 25593 / Num. obs: 25593 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.13 Å / Rfactor Rfree: 0.338 / Rfactor Rwork: 0.335 |