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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vei | ||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis Dps | ||||||
要素 | starvation-induced DNA protecting protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Roy, S. / Gupta, S. / Das, S. / Sekar, K. / Chatterji, D. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: X-ray Analysis of Mycobacterium smegmatis Dps and a Comparative Study Involving Other Dps and Dps-like Molecules 著者: Roy, S. / Gupta, S. / Das, S. / Sekar, K. / Chatterji, D. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vei.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vei.ent.gz | 33.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vei_validation.pdf.gz | 439.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vei_full_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vei_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vei_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1vei | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20298.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) プラスミド: pET-Dps, pGEM-T Easy / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8VP75, UniProt: P0C558*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M potassium sodium tatrate tetrahydrate, 2M ammonium sulphate, 0.1M trisodium citrate dihydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 6271 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 85.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.557 / Num. unique all: 604 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→27.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 3944477.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80.6984 Å2 / ksol: 0.339456 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→27.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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