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- PDB-1vdn: Crystal Structure Of Yeast Cyclophilin A Complexed With ACE-Ala-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vdn
タイトルCrystal Structure Of Yeast Cyclophilin A Complexed With ACE-Ala-Ala-Pro-Ala-7-Amino-4-Methylcoumarin
要素
  • (ACE)AAPA(MCM)
  • Cyclophilin A
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / BETA BARREL / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR COMPLEX / ROTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Set3 complex / negative regulation of meiotic nuclear division / ascospore formation / positive regulation of meiotic nuclear division / cyclosporin A binding / cellular response to starvation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mitochondrial intermembrane space / protein transport ...Set3 complex / negative regulation of meiotic nuclear division / ascospore formation / positive regulation of meiotic nuclear division / cyclosporin A binding / cellular response to starvation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mitochondrial intermembrane space / protein transport / protein folding / mRNA binding / DNA damage response / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-ALA-ALA-PRO-ALA-7-AMINO-4-METHYLCOUMARINN / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Konno, M. / Shibano, T. / Okudaira, K. / Takahashi, N.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure Of Yeast Cyclophilin A Complexed With ACE-Ala-Ala-Pro-Ala-7-Amino-4-Methylcoumarin
著者: Konno, M. / Shibano, T. / Okudaira, K. / Takahashi, N.
履歴
登録2004年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclophilin A
B: (ACE)AAPA(MCM)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9232
ポリマ－17,9232
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.737, 40.009, 112.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclophilin A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 17411.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14832, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド (ACE)AAPA(MCM)


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 511.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 参照: ACE-ALA-ALA-PRO-ALA-7-AMINO-4-METHYLCOUMARINN
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, methanol, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 18099 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 / Num. unique all: 1813 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IST

1ist


解像度: 1.6→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1768 -RANDOM
Rwork0.199 ---
all-17999 --
obs-17999 92.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1256 0 0 188 1444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.367
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.889
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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