+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vd8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of FMBP-1 tandem repeat 2 | ||||||
要素 | fibroin-modulator-binding-protein-1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / TANDEM REPEAT / N-CAP / DNA BINDING | ||||||
機能・相同性 | : / STPRs (score and three amino acid peptide repeats) / Fibroin-modulator-binding protein-1 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Yamaki, T. / Kawaguchi, K. / Aizawa, T. / Takiya, S. / Demura, M. / Nitta, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of FMBP-1 tandem repeat 2 著者: Yamaki, T. / Kawaguchi, K. / Aizawa, T. / Takiya, S. / Demura, M. / Nitta, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vd8.cif.gz | 115.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1vd8.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vd8_validation.pdf.gz | 335.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1vd8_full_validation.pdf.gz | 405.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vd8_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vd8_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/1vd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/1vd8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2701.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct / 参照: UniProt: Q5FBS0*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.5mM peptide; pH 4 (10mM sodium phosphate buffer, 60mM NaCl); 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 60mM / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 |
---|---|
精密化 | 手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 138 restraints, 136 are NOE-derived distance constraints and 2 are dihedral angle restraints. |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |