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- PDB-1vcl: Crystal Structure of Hemolytic Lectin CEL-III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vcl
タイトルCrystal Structure of Hemolytic Lectin CEL-III
要素hemolytic lectin CEL-III
キーワードTOXIN / LECTIN / CEL-III / HEMOLYSIS / HEMAGGLUTINATION / PORE-FORMING / CALCIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of erythrocyte aggregation / melibiose binding / cell killing / N-acetylgalactosamine binding / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucose binding / disruption of plasma membrane integrity in another organism / hemolysis in another organism / lactose binding / galactose binding ...positive regulation of erythrocyte aggregation / melibiose binding / cell killing / N-acetylgalactosamine binding / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucose binding / disruption of plasma membrane integrity in another organism / hemolysis in another organism / lactose binding / galactose binding / protein O-linked glycosylation / protein homooligomerization / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / extracellular space
類似検索 - 分子機能
hemolytic lectin cel-iii, domain 3 / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...hemolytic lectin cel-iii, domain 3 / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactose/N-acetylgalactosamine-binding lectin CEL-III
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumaria echinata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Uchida, T. / Yamasaki, T. / Eto, S. / Sugawara, H. / Kurisu, G. / Nakagawa, A. / Kusunoki, M. / Hatakeyama, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2004
タイトル: Crystal Structure of the Hemolytic Lectin CEL-III Isolated from the Marine Invertebrate Cucumaria echinata: IMPLICATIONS OF DOMAIN STRUCTURE FOR ITS MEMBRANE PORE-FORMATION MECHANISM
著者: Uchida, T. / Yamasaki, T. / Eto, S. / Sugawara, H. / Kurisu, G. / Nakagawa, A. / Kusunoki, M. / Hatakeyama, T.
履歴
登録2004年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemolytic lectin CEL-III
B: hemolytic lectin CEL-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,68219
ポリマ-94,9042
非ポリマー77817
15,241846
1
A: hemolytic lectin CEL-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,94610
ポリマ-47,4521
非ポリマー4949
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hemolytic lectin CEL-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7379
ポリマ-47,4521
非ポリマー2848
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.42, 65.37, 126.02
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 hemolytic lectin CEL-III


分子量: 47452.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cucumaria echinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q868M7

-
非ポリマー , 5種, 863分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.2 Å / Num. all: 92828 / Num. obs: 92828
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→26.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.034 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20116 4642 5 %RANDOM
Rwork0.16519 ---
all0.167 ---
obs0.167 88165 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20.64 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6626 0 30 846 7502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9439218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79313369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.585862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.27041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.23954
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2150.252
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0850.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3310.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8371.54265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48526869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00632520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2154.52349
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.218 306
Rwork0.184 6540
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7174-0.4801-1.021.72960.58942.07150.0075-0.35050.28030.050.2755-0.40620.02160.233-0.2830.1272-0.0247-0.02260.2718-0.14980.208712.37446.41822.382
22.168-1.6187-0.69372.5196-0.07772.340.0286-0.59850.50070.04040.3472-0.3328-0.3398-0.0258-0.37580.2058-0.01510.04250.2276-0.18670.20780.58457.92426.533
32.6618-1.6704-0.06692.09320.28331.04410.29360.02530.6524-0.2887-0.0287-0.4784-0.3220.1151-0.26490.3103-0.07260.17150.0451-0.03660.342510.49759.03611.076
42.8682-0.07630.08452.42050.73490.6174-0.2562-0.74140.01610.36640.2177-0.03140.23290.08240.03850.23960.115-0.00950.31640.03780.072916.47618.85720.019
51.2383-0.7218-0.79790.88720.21631.2295-0.0734-0.25050.2681-0.03460.1774-0.2478-0.0020.1251-0.1040.1187-0.0079-0.01470.201-0.08030.20120.70130.6339.015
60.66450.0989-0.47641.63340.05112.271-0.1456-0.0567-0.01160.00140.1809-0.21780.3330.2294-0.03530.19240.0666-0.02130.1709-0.02610.152822.29514.1744.878
72.7707-0.7476-2.07880.57260.62231.1286-0.3072-0.1549-0.43880.0784-0.02080.23430.00960.22880.3280.10960.01060.02910.1850.02780.2129-4.93529.82216.908
82.88-0.7936-1.20030.68940.56230.6131-0.0535-0.3308-0.15440.0733-0.11620.14870.02940.06790.16970.135-0.02890.02090.2301-0.01840.1106-16.04337.24522.011
92.0321-0.8653-0.86961.4782-0.1641.16330.11950.59930.3191-0.1340.04480.3060.0504-0.2798-0.16430.11590.0092-0.05660.31670.15990.24044.9774.68440.115
103.1617-0.9259-0.90033.21090.24192.19790.50490.8020.9299-0.4831-0.1086-0.4065-0.2903-0.1852-0.39620.23170.11580.14920.23960.28610.342316.78585.88335.454
112.58430.7646-0.63532.606-1.04191.82010.20430.00830.76760.06890.13540.2414-0.1325-0.2682-0.33970.13050.05110.06650.06510.0750.4737.12587.45851.125
122.066-0.2027-0.16891.6319-0.96641.1745-0.15320.6106-0.1249-0.12710.1150.0520.1334-0.07930.03820.1674-0.0871-0.0110.2808-0.05080.11540.69747.40142.918
132.32990.5687-0.35040.5016-0.05990.5879-0.14410.21570.2202-0.00190.14160.1514-0.0417-0.06370.00260.1258-0.0171-0.04170.2110.06860.1731-3.40959.14153.839
141.71580.0628-0.00171.4966-0.13361.0716-0.16640.0184-0.1861-0.05280.15640.16010.1405-0.15880.010.1548-0.0422-0.00470.1570.03680.1992-5.242.68558.023
152.36910.1695-1.14250.0410.32541.1298-0.13950.1078-0.07490.0211-0.0602-0.0690.0384-0.13790.19970.123-0.0321-0.01440.19010.00470.159422.20757.59846.001
161.71480.5845-0.32890.3367-0.23730.2615-0.09670.18850.0474-0.08570.0276-0.07410.028-0.01210.06910.1735-0.03560.01210.1722-0.00570.119733.2364.79440.306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 4812 - 48
2X-RAY DIFFRACTION1AC1001
3X-RAY DIFFRACTION1AH1101
4X-RAY DIFFRACTION2AA53 - 7953 - 79
5X-RAY DIFFRACTION2AA85 - 9285 - 92
6X-RAY DIFFRACTION3AA110 - 146110 - 146
7X-RAY DIFFRACTION3AD1002
8X-RAY DIFFRACTION4AA157 - 193157 - 193
9X-RAY DIFFRACTION4AE1003
10X-RAY DIFFRACTION4AI1102
11X-RAY DIFFRACTION5AA198 - 234198 - 234
12X-RAY DIFFRACTION5AF10041
13X-RAY DIFFRACTION5AQ - A12011
14X-RAY DIFFRACTION6AA245 - 281245 - 281
15X-RAY DIFFRACTION6AG10051
16X-RAY DIFFRACTION7AA320 - 354320 - 354
17X-RAY DIFFRACTION8AA284 - 319284 - 319
18X-RAY DIFFRACTION8AA355 - 432355 - 432
19X-RAY DIFFRACTION9BB12 - 4812 - 48
20X-RAY DIFFRACTION9BJ10011
21X-RAY DIFFRACTION9BO11011
22X-RAY DIFFRACTION10BB53 - 7953 - 79
23X-RAY DIFFRACTION10BB85 - 9285 - 92
24X-RAY DIFFRACTION11BB110 - 146110 - 146
25X-RAY DIFFRACTION11BK10021
26X-RAY DIFFRACTION12BB157 - 193157 - 193
27X-RAY DIFFRACTION12BL10031
28X-RAY DIFFRACTION12BP11021
29X-RAY DIFFRACTION13BB198 - 234198 - 234
30X-RAY DIFFRACTION13BM10041
31X-RAY DIFFRACTION13BR22011
32X-RAY DIFFRACTION14BB245 - 281245 - 281
33X-RAY DIFFRACTION14BN10051
34X-RAY DIFFRACTION15BB320 - 354320 - 354
35X-RAY DIFFRACTION16BB284 - 319284 - 319
36X-RAY DIFFRACTION16BB355 - 432355 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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