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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vaq | ||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Mg2+-(chromomycin A3)2-d(TTGGCCAA)2 complex reveals GGCC binding specificity of the drug dimer chelated by metal ion | ||||||||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Chromomycin A3 / MAD / DNA duplex / GGCC site / DNA kink / CD spectra | 機能・相同性 | Chem-CPH / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Hou, M.H. / Robinson, H. / Gao, Y.G. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004 | タイトル: Crystal structure of the [Mg2+-(chromomycin A3)2]-d(TTGGCCAA)2 complex reveals GGCC binding specificity of the drug dimer chelated by a metal ion 著者: Hou, M.H. / Robinson, H. / Gao, Y.G. / Wang, A.H.-J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vaq.cif.gz | 45.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vaq.ent.gz | 33.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vaq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vaq_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vaq_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1vaq_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vaq_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/1vaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/1vaq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-DNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: The synthetic DNA oligonucleotides were purified by gel electrophoresis. 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 多糖 | 2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H- ...2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl acetate #3: 多糖 | 3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol- ...3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol |
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-非ポリマー , 3種, 289分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CPH / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.91 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium-cacodylate, MgCl2, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.5432 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5432 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 7815 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.0055 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 10 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å /
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