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- PDB-1vaq: Crystal structure of the Mg2+-(chromomycin A3)2-d(TTGGCCAA)2 comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vaq
タイトルCrystal structure of the Mg2+-(chromomycin A3)2-d(TTGGCCAA)2 complex reveals GGCC binding specificity of the drug dimer chelated by metal ion
要素5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
キーワードDNA / Chromomycin A3 / MAD / DNA duplex / GGCC site / DNA kink / CD spectra
機能・相同性Chem-CPH / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hou, M.H. / Robinson, H. / Gao, Y.G. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the [Mg2+-(chromomycin A3)2]-d(TTGGCCAA)2 complex reveals GGCC binding specificity of the drug dimer chelated by a metal ion
著者: Hou, M.H. / Robinson, H. / Gao, Y.G. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2004年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年10月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_na_base_pair ...atom_site / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
C: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,44018
ポリマ－9,7064
非ポリマー4,73414
水5,098283
1
A: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2209
ポリマ－4,8532
非ポリマー2,3677
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2209
ポリマ－4,8532
非ポリマー2,3677
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.23, 42.23, 246.11
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-268-

HOH

21A-280-

HOH

31A-409-

HOH

41B-345-

HOH

-
要素

-
DNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: The synthetic DNA oligonucleotides were purified by gel electrophoresis.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖
2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H- ...2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-(2R,3R,6R)-6-hydroxy-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl acetate


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 318.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad212m-1b_1-5_4*OCC/3=O][ad112m-1a_1-5_4*OC]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2-deoxy-Fucp4Ac]{[(3+1)][a-D-2-deoxy-Fucp4Me]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol- ...3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol-(1-3)-(2R,5S,6R)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2,5-diol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 432.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[ad222m-1b_1-5][ad611m-1a_1-5_3*C_4*OCC/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp4Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 289分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CPH / (1S)-5-deoxy-1-O-methyl-1-C-[(2R,3S)-3,5,7,10-tetrahydroxy-6-methyl-4-oxo-1,2,3,4-tetrahydroanthracen-2-yl]-D-xylulose / None / クロモマイシノン


分子量: 420.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24O9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium-cacodylate, MgCl2, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium-cacodylate11
2MgCl211
3sodium-cacodylate12
4MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.5432 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5432 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 7815 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.0055

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 10 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 726 RANDOM
Rwork0.235 --
obs0.235 7815 -
all-7815 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 644 338 279 1261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.278 735
Rwork0.235 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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