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- PDB-1vap: THE MONOMERIC ASP49 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 FROM THE VENOM OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vap
タイトルTHE MONOMERIC ASP49 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 FROM THE VENOM OF AGKISTRIDON PISCIVORUS PISCIVORUS
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードLIPID DEGRADATION / PHOSPHOLIPASE A2 / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 APP-D49
類似検索 - 構成要素
生物種Agkistrodon piscivorus piscivorus (ヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Scott, D.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Structural aspects of interfacial adsorption. A crystallographic and site-directed mutagenesis study of the phospholipase A2 from the venom of Agkistrodon piscivorus piscivorus.
著者: Han, S.K. / Yoon, E.T. / Scott, D.L. / Sigler, P.B. / Cho, W.
履歴
登録1996年11月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0182
ポリマ－28,0182
非ポリマー00
水2,504139
1
A: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0091
ポリマ－14,0091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0091
ポリマ－14,0091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.710, 39.890, 42.850
Angle α, β, γ (deg.)94.17, 79.10, 106.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 14009.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 / 由来: (天然) Agkistrodon piscivorus piscivorus (ヘビ) / 生物種: Agkistrodon piscivorus / 株: piscivorus / 参照: UniProt: P51972, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.03 mg/mlApp-D491drop
220 %(v/v)ethanol1drop
30.1 MTris-HCl1drop
440 %(v/v)ethanol1reservoir
50.2 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年12月4日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 28084 / % possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.042
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HAMLINSOFTWARE SUITEデータ収集
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
HAMLINデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
Rwork0.197 -
obs-21410
原子変位パラメータBiso mean: 22.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 0 139 2081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.02
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0250.05
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2130.5
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1652
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2652
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.630
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.6500
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.9500
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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