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- PDB-1v9g: Neutron Crystallographic analysis of the Z-DNA hexamer CGCGCG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v9g
タイトルNeutron Crystallographic analysis of the Z-DNA hexamer CGCGCG
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Z-DNA / HYDROGEN / HYDRATION / H/D EXCHANGE / NEUTRON
機能・相同性DEUTERATED WATER / N,N'-BIS(3-AMMONIOPROPYL)BUTANE-1,4-DIAMINIUM / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chatake, T. / Tanaka, I. / Niimura, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The hydration structure of a Z-DNA hexameric duplex determined by a neutron diffraction technique.
著者: Chatake, T. / Tanaka, I. / Umino, H. / Arai, S. / Niimura, N.
履歴
登録2004年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32013年8月21日Group: Derived calculations / Other
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52018年6月20日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62018年11月28日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.72018年12月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.82023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8373
ポリマ－3,6202
非ポリマー2161
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)18.460, 30.760, 43.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Z-DNA duplex / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SPW / N,N'-BIS(3-AMMONIOPROPYL)BUTANE-1,4-DIAMINIUM / SPERMINE (FULLY DEUTERATED FORM)


分子量: 216.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20N4
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 7.98 %
結晶化温度: 328 K / 手法: small tubes / pH: 7
詳細: MPD, sodium cacodylate, magnesium chloride, spermine, pH 7.0, SMALL TUBES, temperature 328K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3MgCl211
4spermine11
5MPD12
6sodium cacodylate12
7MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: JRR-3M / ビームライン: 1G-A / 波長: 2.88 Å
検出器タイプ: BIX-3M / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2003年6月10日
放射モノクロメーター: Elastically-bent perfect silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 2627 / Num. obs: 2627 / % possible obs: 73.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 3.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 142 / % possible all: 40.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IOT

1iot


解像度: 1.8→25.05 Å / Data cutoff high absF: 3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 163 6.5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.256 2510 --
obs0.229 1821 72.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: bulk solvent correction / Bsol: 20.1 Å2 / ksol: 0.06 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.289 Å20 Å20 Å2
2--1.581 Å20 Å2
3----2.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 14 44 298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.005
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg0.83
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d0.43
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.910.425194.80.29320656.7
1.91-2.060.322200.28561.7
2.06-2.270.327290.26771.4
2.27-2.60.283240.2576.3
2.6-3.270.312330.19180.7
3.27-500.234380.16286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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