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万見
- PDB-1v9f: Crystal structure of catalytic domain of pseudouridine synthase R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v9f
タイトルCrystal structure of catalytic domain of pseudouridine synthase RluD from Escherichia coli
要素Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
キーワードLYASE / Pseudouridine synthase / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #230 / Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #230 / Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mizutani, K. / Machida, Y. / Unzai, S. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of the catalytic domains of pseudouridine synthases RluC and RluD from Escherichia coli
著者: Mizutani, K. / Machida, Y. / Unzai, S. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2004年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1442
ポリマ－37,0491
非ポリマー951
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.506, 74.506, 265.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase


分子量: 37049.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RLUD / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33643, pseudouridylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ethylene glycol, PEG3000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9000, 0.9788, 0.9795, 0.9814
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月29日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97881
30.97951
40.98141
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 47799 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / Num. unique all: 47799 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.568 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 2406 5 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.20094 47799 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2007 0 5 264 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.9482810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1715249
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7351.51256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36622055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4393809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9644.5755
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.223 149
Rwork0.205 2600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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