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- PDB-1v8o: Crystal Structure of PAE2754 from Pyrobaculum aerophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v8o
タイトルCrystal Structure of PAE2754 from Pyrobaculum aerophilum
要素hypothetical protein PAE2754
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PIN-domain / SeMet substituted
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Pae0151-like, PIN domain / : / PIN domain / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD with data collection on Se-Met crystal at 0.97941 A / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arcus, V.L. / Backbro, K. / Roos, A. / Daniel, E.L. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Distant structural homology leads to the functional characterization of an archaeal PIN domain as an exonuclease
著者: Arcus, V.L. / Backbro, K. / Roos, A. / Daniel, E.L. / Baker, E.N.
履歴
登録2004年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PAE2754
B: hypothetical protein PAE2754
C: hypothetical protein PAE2754
D: hypothetical protein PAE2754
E: hypothetical protein PAE2754
F: hypothetical protein PAE2754
G: hypothetical protein PAE2754
H: hypothetical protein PAE2754
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,60812
ポリマ－145,4668
非ポリマー1424
水1,18966
1
A: hypothetical protein PAE2754
B: hypothetical protein PAE2754
C: hypothetical protein PAE2754
D: hypothetical protein PAE2754
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8046
ポリマ－72,7334
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
2
E: hypothetical protein PAE2754
F: hypothetical protein PAE2754
G: hypothetical protein PAE2754
H: hypothetical protein PAE2754
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8046
ポリマ－72,7334
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.360, 192.780, 60.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a tetramer. There are two tetramers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein PAE2754


分子量: 18183.279 Da / 分子数: 8 / 変異: P2A, L65M, L80M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: PAE2754 / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZUJ3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: Tris-HCl, isopropanol, PEG 4000, trimethylamine-HCl, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Arcus, V.L., (2004) Acta Cryst., D60, 733.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15-10 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH9.2
350 mM1dropNaCl
4100 mMTris-HCl1reservoirpH9.2
525-30 %2-propanol1reservoir
617-20 %PEG40001reservoir
710 mMtrimethylamine-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97941, 0.83208
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月26日
放射モノクロメーター: Curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979411
20.832081
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. all: 62023 / Num. obs: 32550 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2444 / % possible all: 72.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 286429
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: SAD with data collection on Se-Met crystal at 0.97941 A
解像度: 2.8→36.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1623333.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2853 4.8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 32550 --
obs0.226 32550 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.6186 Å2 / ksol: 0.34703 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.41 Å20 Å23.06 Å2
2---2.93 Å20 Å2
3----0.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8424 0 4 66 8494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 392 4.8 %
Rwork0.327 7753 -
obs-7753 78.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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