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万見
- PDB-1v8e: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v8e
タイトルCrystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase from Thermus thermophilus HB8
要素putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase / Glycerophosphodiester phosphodiesterase / Thermus thermophilus / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ishijima, J. / Ida, K. / Yutani, K. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase from Thermus thermophilus HB8
著者: Ishijima, J. / Ida, K. / Yutani, K. / Miyano, M.
履歴
登録2004年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4351
ポリマ－24,4351
非ポリマー00
水5,242291
1
A: putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase

A: putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8702
ポリマ－48,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
Buried area1300 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.221, 74.221, 73.518
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer covalently bound by disulfide bond.

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要素

#1: タンパク質 putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量: 24435.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 55978324, UniProt: Q53W25*PLUS, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.1
詳細: ammonium sulfate, dioxane, pH 8.1, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL45PX11.009
シンクロトロンSPring-8 BL26B120.9791, 0.97945, 0.96
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2002年4月21日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2002年7月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0091
20.97911
30.979451
40.961
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 37844 / Num. obs: 36456 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.27 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→48.39 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2349 3638 RANDOM
Rwork0.2047 --
all0.2075 37844 -
obs0.2075 36456 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.56 Å20.92 Å20 Å2
2--3.56 Å20 Å2
3----7.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 0 291 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 552 -
Rwork0.285 --
obs-5576 89.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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