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- PDB-1v4l: Crystal structure of a platelet agglutination factor isolated fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v4l
タイトルCrystal structure of a platelet agglutination factor isolated from the venom of Taiwan habu (Trimeresurus mucrosquamatus)
要素
  • mucrocetin alpha chain
  • mucrocetin beta chain
キーワードBLOOD CLOTTING / lectin-like / square-shaped ring
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec mucrocetin subunit beta / Snaclec mucrocetin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Protobothrops mucrosquamatus (タイワンハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Huang, K.-F. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a platelet-agglutinating factor isolated from the venom of Taiwan habu (Trimeresurus mucrosquamatus).
著者: Huang, K.F. / Ko, T.P. / Hung, C.C. / Chu, J. / Wang, A.H. / Chiou, S.H.
履歴
登録2003年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9146
ポリマ－90,9146
非ポリマー00
水9,656536
1
A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain

A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain

A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain

A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,65724
ポリマ－363,65724
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
2
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3052
ポリマ－30,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
3
A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3052
ポリマ－30,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
4
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3052
ポリマ－30,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
5
A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain

A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain

A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain

A: mucrocetin alpha chain
B: mucrocetin beta chain
C: mucrocetin alpha chain
D: mucrocetin beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,43816
ポリマ－242,43816
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
6
E: mucrocetin alpha chain
F: mucrocetin beta chain
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,43816
ポリマ－242,43816
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.866, 119.866, 360.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

21A-815-

HOH

31C-912-

HOH

41D-915-

HOH

51E-982-

HOH

61F-562-

HOH

71F-744-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質 mucrocetin alpha chain


分子量: 15745.479 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Protobothrops mucrosquamatus (タイワンハブ)
Secretion: snake venom / 参照: UniProt: Q6TPH0
#2: タンパク質 mucrocetin beta chain


分子量: 14559.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Protobothrops mucrosquamatus (タイワンハブ)
Secretion: snake venom / 参照: UniProt: Q6TPG9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1,6-hexanediol, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
152.3 mg/mlprotein1drop
22.5 M1,6-hexanediol1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 32858 / Num. obs: 30509 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2971 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 127650 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.33 % / Num. unique obs: 2971 / Num. measured obs: 12356

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C3A

1c3a


解像度: 2.8→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1465 -random
Rwork0.235 ---
all-29524 --
obs-28059 85.4 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å / Luzzati sigma a obs: 0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6381 0 0 536 6917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.385 105
Rwork0.357 -
obs-1865
精密化
*PLUS
最低解像度: 18 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.294
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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