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万見
- PDB-1v3p: Crystal structure of d(GCGAGAGC): the DNA octaplex structure with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v3p
タイトルCrystal structure of d(GCGAGAGC): the DNA octaplex structure with I-motif of G-quartet
要素5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA / octaplex / quadruplex / G-quartet / I-motif / I-motif of G-quartet / base-intercalated duplex / base-intercalated motif / sheared G:A pair / deoxyribonucleic acid / X-ray analysis
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kondo, J. / Umeda, S. / Sunami, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of a DNA octaplex with I-motif of G-quartets and its splitting into two quadruplexes suggest a folding mechanism of eight tandem repeats
著者: Kondo, J. / Adachi, W. / Umeda, S. / Sunami, T. / Takenaka, A.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2834
ポリマ－5,2052
非ポリマー782
水1,74797
1
A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,13316
ポリマ－20,8208
非ポリマー3138
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.180, 36.380, 63.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-114-

K

21B-115-

K

31A-17-

HOH

41A-64-

HOH

51B-75-

HOH

詳細The biological assembly is an octaplex generated from the duplex in the asymmetric unit by the operations: (x, y, z), (1-x, 1-y, z), (x,1-y,2-z) and (1-x, y, 2-z).

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 2602.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol, spermine tetrahydrochloride, sodium chloride, potassium chloride, sodium cacodylate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
12-methyl-2,4-pentanediol11
2spermine tetrahydrochloride11
3sodium chloride11
4potassium chloride11
5sodium cacodylate11
6sodium chloride12
7potassium chloride12
8sodium cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 2014 / Num. obs: 1980 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 199 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V3N

1v3n


解像度: 2.3→9 Å / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON ET AL., (1996) ACTACRYST. D52, 57-64
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.265 174 RANDOM
Rwork0.234 --
all-1972 -
obs-1903 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 332 2 97 431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 14 -
Rwork0.37 --
obs--87.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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