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万見
- PDB-1v30: Crystal Structure Of Uncharacterized Protein PH0828 From Pyrococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v30
タイトルCrystal Structure Of Uncharacterized Protein PH0828 From Pyrococcus horikoshii
要素Hypothetical UPF0131 protein PH0828
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALPHA+BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamylaminecyclotransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamylaminecyclotransferase / Gamma-glutamylcyclotransferase, AIG2-like domain / Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative gamma-glutamylcyclotransferase PH0828
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tajika, Y. / Sakai, N. / Yao, M. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein PH0828 from Pyrococcus horikoshii.
著者: Tajika, Y. / Sakai, N. / Tamura, T. / Yao, M. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
履歴
登録2003年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0131 protein PH0828
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9712
ポリマ－14,7641
非ポリマー2071
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.692, 51.692, 81.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0131 protein PH0828


分子量: 14763.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O58558
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Sodium Citrate , pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→17.3 Å / Num. obs: 25279 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 25.97 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2492 9.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 25014 99.4 %-
all-25014 --
溶媒の処理溶媒モデル: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso mean: 22.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å2-0.56 Å20 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3---4.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数995 0 13 181 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.61
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.098
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.656
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.884
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.787
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 249 10.17 %
Rwork0.261 2199 -
obs-2448 100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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