[日本語] English
万見
- PDB-1v2x: TrmH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v2x
タイトルTrmH
要素tRNA (Gm18) methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / deep trefoil knot / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanosine18-2'-O)-methyltransferase / tRNA guanine ribose methylation / tRNA (guanine(18)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase, SpoU/TrmH type, C-terminal / tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase / SpoU, rRNA methylase, C-terminal / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nureki, O. / Watanabe, K. / Fukai, S. / Ishii, R. / Endo, Y. / Hori, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Deep Knot Structure for Construction of Active Site and Cofactor Binding Site of tRNA Modification Enzyme
著者: Nureki, O. / Watanabe, K. / Fukai, S. / Ishii, R. / Endo, Y. / Hori, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2003年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年6月26日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: tRNA (Gm18) methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7094
ポリマ－22,1201
非ポリマー5883
水3,423190
1
A: tRNA (Gm18) methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (Gm18) methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4188
ポリマ－44,2412
非ポリマー1,1776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.601, 44.023, 56.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (Gm18) methyltransferase


分子量: 22120.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9FAC4, UniProt: Q5SM16*PLUS, tRNA (guanosine18-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: lithium sulfate, Tris-HCl, PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. all: 65676 / Num. obs: 60955 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル最高解像度: 1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 24289 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→34.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1127109.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2399 9.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.229 ---
obs0.225 24289 91.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.9434 Å2 / ksol: 0.399441 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.86 Å20 Å2-2.38 Å2
2--13.51 Å20 Å2
3----6.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 37 190 1757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.972.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.533 362 10.2 %
Rwork0.538 3172 -
obs--80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SAM2.PARAMSAM2.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る