PDB-1v28: Solution structure of paralytic peptide of the wild Silkmoth, Ant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v28

タイトル

Solution structure of paralytic peptide of the wild Silkmoth, Antheraea yamamai

要素

Paralytic Peptide

キーワード

TOXIN / Paralytic peptide / antheraea yamamai / single beta sheet / ENF family

機能・相同性

Paralytic/GBP/PSP peptide / Paralytic/GBP/PSP peptide / cytokine activity / extracellular space / Paralytic peptide 2

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Kawaguchi, K. / Ying, A. / Suzuki, K. / Kumaki, Y. / Demura, M. / Nitta, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural characterization of paralytic peptide of the wild Silkmoth Antheraea yamamai by NMR
著者: Kawaguchi, K. / Ying, A. / Suzuki, K. / Kumaki, Y. / Demura, M. / Nitta, K.

履歴

登録	2003年10月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v28.cif.gz	143.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v28.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/1v28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/1v28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2n25-d 6d8h-d 2kbu-d 1xf7-d 2la0-d 6d9o-d 2nat-d 2m9j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Paralytic Peptide

2.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #11	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Paralytic Peptide 分子量: 2440.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct / 参照: UniProt: P30254*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY
1	4	2	E-COSY
1	5	2	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3mM Paralytic peptide; pH 4.4(pH was adjusted by HCl and NaOH); 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	3mM Paralytic peptide; pH 4.4(pH was adjusted by HCl and NaOH); 99% D2O	99% D2O

試料状態

pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
JEOL Alpha	JEOL	Alpha	600	2

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: Michael Nilges, John Kuszewski, Axel T. Brunger / 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 189 restraints, 165 are NOE-derived distance constraints, 12 dihedral angle restraints, 12 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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