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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ux1 | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis cytidine deaminase with a Cys53His and an Arg56Gln substitution | ||||||
要素 | CYTIDINE DEAMINASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CYTIDINE DEAMINASE / CDD / TETRAMER / ZINC BINDING / PYRIMIDINE METABOLISM / SALVAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytidine deaminase / cytidine deamination / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Johansson, E. / Neuhard, J. / Willemoes, M. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structural, Kinetic, and Mutational Studies of the Zinc Ion Environment in Tetrameric Cytidine Deaminase 著者: Johansson, E. / Neuhard, J. / Willemoes, M. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ux1.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ux1.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ux1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ux1_validation.pdf.gz | 484.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ux1_full_validation.pdf.gz | 495.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ux1_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ux1_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/1ux1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/1ux1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14874.952 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PTRCC53H/R56QCDA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO5201 / 参照: UniProt: P19079, cytidine deaminase #2: 化合物 | ChemComp-THU / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION ARG 56 GLN IN CHAINS A B C D ENGINEERED MUTATION CYS 53 HIS IN CHAINS A B C D ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: VAPOUR DIFFUSION AT RT: PROTEIN: 4.6 MG/ML, + 5 MM TETRAHYDRODEOXYURIDINE, PRECIPITANT: 30 % PEG400, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月23日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→25 Å / Num. obs: 21401 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 83.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JTK 解像度: 2.36→24.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2004857.7 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.6894 Å2 / ksol: 0.346096 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→24.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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