PDB-1uwa: L290F mutant rubisco from chlamydomonas

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uwa

タイトル

L290F mutant rubisco from chlamydomonas

要素

(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ...) x 2

キーワード

LYASE / RUBISCO / PHOTOSYNTHESIS / PHOTORESPIRATION / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / CARBON DIOXIDE FIXATION

機能・相同性

機能・相同性情報

photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Altered Intersubunit Interactions in Crystal Structures of Catalytically Compromised Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
著者: Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.

履歴

登録	2004年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月12日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1uwa.cif.gz	988 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1uwa.ent.gz	817.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1uwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1uwa_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1uwa_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	1uwa_validation.xml.gz	192.6 KB	表示
CIF形式データ	1uwa_validation.cif.gz	269 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1uw9C 1gk8S 1ir2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ir2-1 2vdi-d 1ir2-2 1uw9-d 2v69-d 2v68-d 1uzd-d 2v63-d 2vdh-d 1rco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (18)

登録構造単位

A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

J: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

R: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

W: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

ヘテロ分子

559 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.983, 177.709, 122.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	12 - 477
2	1	1	1	B	12 - 477
3	1	1	1	E	12 - 477
4	1	1	1	H	12 - 477
5	1	1	1	K	12 - 477
6	1	1	1	O	12 - 477
7	1	1	1	R	12 - 477
8	1	1	1	V	12 - 477
1	1	2	1	I	1 - 140
2	1	2	1	C	1 - 140
3	1	2	1	F	1 - 140
4	1	2	1	J	1 - 140
5	1	2	1	P	1 - 140
6	1	2	1	T	1 - 140
7	1	2	1	M	1 - 140
8	1	2	1	W	1 - 140

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.4912, 0.001218, -0.871), (0.000868, -1, -0.000908), (-0.871, -0.00031, -0.4912)	64.53, 168.89999, 110.6
2	given	(0.09365, -0.7774, -0.622), (0.2859, 0.6194, -0.7311), (0.9537, -0.1093, 0.28)	101.1, 100.3, 89.83
3	given	(-0.781, -0.2869, -0.5548), (-0.2889, -0.6215, 0.7282), (-0.5537, 0.729, 0.4024)	36.42, 68.55, -21.4
4	given	(0.09836, 0.285, 0.9535), (-0.7769, 0.6208, -0.1054), (-0.6219, -0.7303, 0.2825)	-123.8, 25.49, 110.8
5	given	(0.4914, 0.001234, -0.8709), (0.002343, -1, -9.4E-5), (-0.8709, -0.001995, -0.4914)	64.54, 168.89999, 110.8
6	given	(0.5861, 0.7786, 0.2241), (0.7784, -0.6179, 0.1113), (0.2251, 0.1093, -0.9682)	-93.05, 142.3, 164
7	given	(-0.685, 0.489, 0.5401), (0.4884, -0.2421, 0.8384), (0.5407, 0.838, -0.073)	-121.1, 42.44, 32.16
8	given	(-0.8058, -0.4904, 0.3319), (-0.4915, 0.2411, -0.8369), (0.3304, -0.8375, -0.4353)	-22.92, 125.9, 200.5
9	given	(0.09362, -0.7792, -0.6198), (0.2816, 0.6178, -0.7342), (0.955, -0.1058, 0.2773)	101, 100.8, 89.87
10	given	(-0.7811, -0.2796, -0.5583), (-0.2905, -0.6287, 0.7213), (-0.5527, 0.7256, 0.4098)	35.92, 69.74, -21.51
11	given	(0.1023, 0.2793, 0.9547), (-0.7722, 0.6274, -0.1008), (-0.6271, -0.7269, 0.2798)	-123.5, 24.66, 110.8
12	given	(0.5843, 0.7803, 0.223), (0.7789, -0.6163, 0.1158), (0.2278, 0.106, -0.9679)	-93.19, 141.89999, 164.39999
13	given	(-0.6814, 0.4942, 0.5399), (0.4915, -0.2377, 0.8378), (0.5423, 0.8363, -0.08092)	-121.5, 42.23, 33.21
14	given	(-0.8039, -0.4937, 0.3318), (-0.4922, 0.2389, -0.8371), (0.334, -0.8362, -0.435)	-22.65, 126.1, 200.60001

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RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ... , 2種, 16分子 ABEHKORVCFIJMPTW

#1: タンパク質	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT / RIBULOSE-1 / 5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN 分子量: 52730.855 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然由来: (天然) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 参照: UniProt: P00877, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1 / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1 分子量: 16294.788 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 参照: UniProt: P00873, ribulose-bisphosphate carboxylase

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂

-
非ポリマー , 3種, 2377分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED MUTATION LEU 290 PHE IN CHAINS A, B, E, H, K, O, R AND V. RUBISCO CATALYZES TWO ...ENGINEERED MUTATION LEU 290 PHE IN CHAINS A, B, E, H, K, O, R AND V. RUBISCO CATALYZES TWO REACTIONS: THE CARBOXYLATION OF D- RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE, THE PRIMARY EVENT IN PHOTOSYNTHETIC CARBON DIOXIDE FIXATION, AS WELL AS THE OXIDATIVE FRAGMENTATION OF THE PENTOSE SUBSTRATE IN THE PHOTORESPIRATION PROCESS. BOTH REACTIONS OCCUR SIMULTANEOUSLY AND IN COMPETITION AT THE SAME ACTIVE SITE.

構成要素の詳細

ENGINEERED MUTATION LEU 290 PHE IN CHAINS A, B, E, H, K, O, R AND V. RUBISCO CATALYZES TWO ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.089
検出器	日付: 2003年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.089 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 264805 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 22.4 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.26→2.31 Å / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK8

1gk8

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 6.259 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	10114	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.172	189087	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.73 Å²	0 Å²	0.3 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38232	0	412	2310	40954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	39675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.952	53695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.004	5	4842
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	5675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	30556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	19282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.457	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.357	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	3	24130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.981	5	38687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.086	6	15545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.364	8	15002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3612	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	3612	tight positional	0.04	0.05
1	3	E	3612	tight positional	0.04	0.05
1	4	H	3612	tight positional	0.04	0.05
1	5	K	3612	tight positional	0.04	0.05
1	6	O	3612	tight positional	0.04	0.05
1	7	R	3612	tight positional	0.04	0.05
1	8	V	3612	tight positional	0.04	0.05
2	1	I	1120	tight positional	0.04	0.05
2	2	C	1120	tight positional	0.05	0.05
2	3	F	1120	tight positional	0.03	0.05
2	4	J	1120	tight positional	0.03	0.05
2	5	P	1120	tight positional	0.03	0.05
2	6	T	1120	tight positional	0.04	0.05
2	7	M	1120	tight positional	0.04	0.05
2	8	W	1120	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	3612	tight thermal	0.12	0.5
1	2	B	3612	tight thermal	0.12	0.5
1	3	E	3612	tight thermal	0.12	0.5
1	4	H	3612	tight thermal	0.14	0.5
1	5	K	3612	tight thermal	0.12	0.5
1	6	O	3612	tight thermal	0.12	0.5
1	7	R	3612	tight thermal	0.12	0.5
1	8	V	3612	tight thermal	0.13	0.5
2	1	I	1120	tight thermal	0.09	0.5
2	2	C	1120	tight thermal	0.1	0.5
2	3	F	1120	tight thermal	0.09	0.5
2	4	J	1120	tight thermal	0.11	0.5
2	5	P	1120	tight thermal	0.09	0.5
2	6	T	1120	tight thermal	0.09	0.5
2	7	M	1120	tight thermal	0.1	0.5
2	8	W	1120	tight thermal	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.273	700
R_work	0.228	13282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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