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万見
- PDB-1uw9: L290F-A222T chlamydomonas Rubisco mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uw9
タイトルL290F-A222T chlamydomonas Rubisco mutant
要素(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ...) x 2
キーワードLYASE / RUBISCO / PHOTOSYNTHESIS / PHOTORESPIRATION / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / CARBON DIOXIDE FIXATION
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Altered Intersubunit Interactions in Crystal Structures of Catalytically Compromised Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
著者: Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.
履歴
登録2004年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
J: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
R: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
W: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)558,90287
ポリマ－552,44516
非ポリマー6,45771
水50,7842819
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.073, 178.196, 120.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.3791, 0.4875, 0.7865), (0.4878, -0.6171, 0.6175), (0.7864, 0.6178, -0.003834)8.926, 131.60001, -74.52
2given(0.2511, 0.968, -0.001311), (0.968, -0.2511, -0.000909), (-0.001209, -0.001041, -1)-67.39, 87.2, 17.05
3given(0.3768, -0.4903, -0.7859), (-0.4745, 0.6265, -0.6184), (0.7955, 0.6059, 0.003402)72.51, 55.41, -73.73
4given(0.3721, -0.4773, 0.7961), (-0.4941, 0.6242, 0.6052), (-0.7857, -0.6186, -0.003552)58.03, 45.86, 91.36
5given(-0.3803, 0.4873, 0.7861), (0.491, -0.6139, 0.6181), (0.7838, 0.621, -0.005782)-8.873, 131.2, -74.62
6given(-0.37, 0.4814, -0.7946), (0.4806, -0.6328, -0.6072), (-0.7951, -0.6065, 0.002824)4.762, 143.60001, 90.51
7given(-0.2503, -0.9681, 0.007761), (-0.9681, 0.2502, -0.01231), (0.009977, -0.0106, -0.9999)130.39999, 101.2, 17.61
8given(-1, -0.00074, -0.008347), (0.000636, -0.9999, 0.01238), (-0.008356, 0.01238, 0.9999)63.23, 188, -0.9257
9given(0.2451, 0.9695, 0.0015), (0.9695, -0.2451, -0.002284), (0.000147, 0.000151, -1)-67.35, 86.71, 16.84
10given(-0.3694, 0.4854, -0.7924), (0.4766, -0.6331, -0.61), (-0.7978, -0.603, 0.002554)4.326, 143.89999, 90.4
11given(0.3741, -0.4909, -0.7868), (-0.4716, 0.6298, -0.6172), (0.7985, 0.6019, 0.004126)72.63, 54.96, -73.31
12given(0.3728, -0.4765, 0.7962), (-0.4963, 0.6226, 0.605), (-0.784, -0.6207, -0.00439)57.94, 46.05, 91.61
13given(-0.2415, -0.9703, 0.01158), (-0.9704, 0.2414, -0.007339), (0.004325, -0.01301, -0.9999)130.39999, 102.3, 18.07
14given(-1, -0.001236, -0.007342), (0.001153, -0.9999, 0.01129), (-0.007356, 0.01128, 0.9999)63.28, 188, -0.9052
詳細FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350

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要素

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RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ... , 2種, 16分子 ABEHKORVCFIJMPTW

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT / RIBULOSE-1 / 5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN


分子量: 52760.883 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
参照: UniProt: P00877, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1 / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1


分子量: 16294.788 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
参照: UniProt: P00873, ribulose-bisphosphate carboxylase

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糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

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非ポリマー , 3種, 2882分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION ALA 222 THR AND LEU 290 PHE IN CHAINS A, B, E, H, K, O, R AND V. RUBISCO ...ENGINEERED MUTATION ALA 222 THR AND LEU 290 PHE IN CHAINS A, B, E, H, K, O, R AND V. RUBISCO CATALYZES TWO REACTIONS: THE CARBOXYLATION OF D- RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE, THE PRIMARY EVENT IN PHOTOSYNTHETIC CARBON DIOXIDE FIXATION, AS WELL AS THE OXIDATIVE FRAGMENTATION OF THE PENTOSE SUBSTRATE IN THE PHOTORESPIRATION PROCESS. BOTH REACTIONS OCCUR SIMULTANEOUSLY AND IN COMPETITION AT THE SAME ACTIVE SITE.
配列の詳細RESIDUE 46 IN THE LARGE SUBUNITS (CHAIN A B E H K O R V) HAS BEEN IDENTIFIED AS A PROLINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 0 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器日付: 2001年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 295370 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK8

1gk8


解像度: 2.05→20 Å / SU B: 4.513 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.184
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19421 11867 5 %RANDOM
Rwork0.1569 ---
obs0.1569 226650 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20.12 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38304 0 396 2819 41519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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