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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uvx | ||||||
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タイトル | Heme-ligand tunneling on group I truncated hemoglobins | ||||||
![]() | GLOBIN LI637 | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / LIGAND DIFFUSION / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chloroplast / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Milani, M. / Pesce, A. / Ouellet, Y. / Dewilde, S. / Friedman, J. / Ascenzi, P. / Guertin, M. / Bolognesi, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Heme-Ligand Tunneling in Group I Truncated Hemoglobins 著者: Milani, M. / Pesce, A. / Ouellet, Y. / Dewilde, S. / Friedman, J. / Ascenzi, P. / Guertin, M. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13315.060 Da / 分子数: 1 / 断片: HEMOGLOBIN, RESIDUES 44-164 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CYN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-XE / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | TRUNCATED HEMOGLOBIN, WITH 121 AMINO ACID RESIDUES PER CHAIN, WITH XE ATOMS DIFFUSED THROUGH THE ...TRUNCATED HEMOGLOBIN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, CYANIDE, pH 5.50 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Pesce, A., (2000) EMBO J., 19, 2424. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 4801 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.154 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DLY 解像度: 2.45→30 Å / SU B: 10.248 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.038 / ESU R Free: 0.33
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.576 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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