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万見
- PDB-1uvx: Heme-ligand tunneling on group I truncated hemoglobins -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uvx
タイトルHeme-ligand tunneling on group I truncated hemoglobins
要素GLOBIN LI637
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / LIGAND DIFFUSION / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / XENON / Group 1 truncated hemoglobin LI637
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS MOEWUSII (クラミドモナス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Milani, M. / Pesce, A. / Ouellet, Y. / Dewilde, S. / Friedman, J. / Ascenzi, P. / Guertin, M. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Heme-Ligand Tunneling in Group I Truncated Hemoglobins
著者: Milani, M. / Pesce, A. / Ouellet, Y. / Dewilde, S. / Friedman, J. / Ascenzi, P. / Guertin, M. / Bolognesi, M.
履歴
登録2004年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLOBIN LI637
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4837
ポリマ－13,3151
非ポリマー1,1686
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.499, 52.932, 66.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLOBIN LI637 / HEMOGLOBIN


分子量: 13315.060 Da / 分子数: 1 / 断片: HEMOGLOBIN, RESIDUES 44-164 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS MOEWUSII (クラミドモナス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08753
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TRUNCATED HEMOGLOBIN, WITH 121 AMINO ACID RESIDUES PER CHAIN, WITH XE ATOMS DIFFUSED THROUGH THE ...TRUNCATED HEMOGLOBIN, WITH 121 AMINO ACID RESIDUES PER CHAIN, WITH XE ATOMS DIFFUSED THROUGH THE PROTEIN MATRIX

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, CYANIDE, pH 5.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Pesce, A., (2000) EMBO J., 19, 2424.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
235 %ammonium sulfate1reservoir
350 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 4801 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.154
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLY

1dly


解像度: 2.45→30 Å / SU B: 10.248 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.038 / ESU R Free: 0.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 483 10 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.216 4286 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.58 Å20 Å20 Å2
2---1.48 Å20 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 49 31 1015
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg0.572

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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