+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uus | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of an activated Dictyostelium STAT in its DNA-unbound form | ||||||
要素 | STAT PROTEIN | ||||||
キーワード | SIGNAL TRANSDUCTION / DICTYOSTELIUM / STAT / SH2 / TRANSDUCER / TRANSCRIPTION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interleukin-6 signaling / Signaling by ALK / STAT6-mediated induction of chemokines / Interleukin-10 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interferon gamma signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-9 signaling ...Interleukin-6 signaling / Signaling by ALK / STAT6-mediated induction of chemokines / Interleukin-10 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interferon gamma signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-37 signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / Interleukin-27 signaling / Interferon alpha/beta signaling / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / sorocarp stalk cell differentiation / ISG15 antiviral mechanism / sorocarp development / cell surface receptor signaling pathway via STAT / culmination involved in sorocarp development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / defense response / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Soler-Lopez, M. / Petosa, C. / Fukuzawa, M. / Ravelli, R. / Williams, J.G. / Muller, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: Structure of an Activated Dictyostelium Stat in its DNA-Unbound Form 著者: Soler-Lopez, M. / Petosa, C. / Fukuzawa, M. / Ravelli, R. / Williams, J.G. / Muller, C.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uus.cif.gz | 102.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1uus.ent.gz | 82.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uus.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uus_validation.pdf.gz | 433 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1uus_full_validation.pdf.gz | 453 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1uus_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uus_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uus | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53376.727 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 235-707 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TKB1 / 参照: UniProt: O00910 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.836 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1 M NaCl, 150 mM ammonium acetate, 5 mM MgSO4, 50 mM MES pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.072 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15362 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 53.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2199841 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 355-358 WERE MODELED AS POLYGLYCINE. RESIDUES 415-418 WERE OMITTED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.194 Å2 / ksol: 0.31917 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.3 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|