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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uth | ||||||
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タイトル | DntR from Burkholderia sp. strain DNT in complex with Thiocyanate | ||||||
![]() | (LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN) x 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smirnova, I.A. / Dian, C. / Leonard, G.A. / McSweeney, S. / Birse, D. / Brzezinski, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of a Bacterial Biosensor for Nitrotoluenes: The Crystal Structure of the Transcriptional Regulator Dntr 著者: Smirnova, I.A. / Dian, C. / Leonard, G.A. / Mcsweeney, S. / Birse, D. / Brzezinski, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.5951, -0.7802, 0.1925), ベクター ![]() |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35544.973 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 35489.891 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-SCN / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | THE SEQUENCE CRYSTALLISED DIFFERS FROM Q7WT50 IN THAT IT CONTAINS A T192S MUTATION, AN ADDITIONAL 8 ...THE SEQUENCE CRYSTALLIS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 % |
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結晶化![]() | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 50319 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1UTB 解像度: 2.2→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.325 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME ATOMS IN A NUMBER OF SIDE CHAINS HAVE BEEN ASSIGNED OCCUPANCIES OF LESS THAN ONE. THIS PROBABLY REFLECTS RADIATION DAMAGE TO THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME ATOMS IN A NUMBER OF SIDE CHAINS HAVE BEEN ASSIGNED OCCUPANCIES OF LESS THAN ONE. THIS PROBABLY REFLECTS RADIATION DAMAGE TO THE CRYSTAL. ADDITIONALLY, A NUMBER OF SIDE CHAINS HAVE BEEN TRUNCATED TO REFLECT THE APPEARANCE OF THE ELECTRON DENSITY FOR THESE RESIDUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→95.35 Å
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拘束条件 |
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