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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uth | ||||||
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タイトル | DntR from Burkholderia sp. strain DNT in complex with Thiocyanate | ||||||
要素 | (LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATION / LYSR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BURKHOLDERIA SP. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Smirnova, I.A. / Dian, C. / Leonard, G.A. / McSweeney, S. / Birse, D. / Brzezinski, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Development of a Bacterial Biosensor for Nitrotoluenes: The Crystal Structure of the Transcriptional Regulator Dntr 著者: Smirnova, I.A. / Dian, C. / Leonard, G.A. / Mcsweeney, S. / Birse, D. / Brzezinski, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uth.cif.gz | 109.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uth.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uth_validation.pdf.gz | 458.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1uth_full_validation.pdf.gz | 466.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1uth_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uth_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1uth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1uth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.5951, -0.7802, 0.1925), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35544.973 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA SP. (バクテリア) / 株: DNT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WT50 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 35489.891 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA SP. (バクテリア) / 株: DNT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WT50 | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-SCN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | THE SEQUENCE CRYSTALLISED DIFFERS FROM Q7WT50 IN THAT IT CONTAINS A T192S MUTATION, AN ADDITIONAL 8 ...THE SEQUENCE CRYSTALLIS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 % |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.932 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.932 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 50319 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1UTB 解像度: 2.2→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.325 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME ATOMS IN A NUMBER OF SIDE CHAINS HAVE BEEN ASSIGNED OCCUPANCIES OF LESS THAN ONE. THIS PROBABLY REFLECTS RADIATION DAMAGE TO THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME ATOMS IN A NUMBER OF SIDE CHAINS HAVE BEEN ASSIGNED OCCUPANCIES OF LESS THAN ONE. THIS PROBABLY REFLECTS RADIATION DAMAGE TO THE CRYSTAL. ADDITIONALLY, A NUMBER OF SIDE CHAINS HAVE BEEN TRUNCATED TO REFLECT THE APPEARANCE OF THE ELECTRON DENSITY FOR THESE RESIDUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→95.35 Å
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拘束条件 |
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