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万見
- PDB-1ut5: Divalent metal ions (manganese) bound to T5 5'-exonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ut5
タイトルDivalent metal ions (manganese) bound to T5 5'-exonuclease
要素EXODEOXYRIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / EXONUCLEASE / NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Flap endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE T5 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Suck, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Roles of Divalent Metal Ions in Flap Endonuclease-Substrate Interactions
著者: Feng, M. / Patel, D. / Dervan, J. / Ceska, T.A. / Suck, D. / Haq, I. / Sayers, J.R.
履歴
登録2003年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXODEOXYRIBONUCLEASE
B: EXODEOXYRIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1495
ポリマ－66,9842
非ポリマー1653
水4,035224
1
A: EXODEOXYRIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6023
ポリマ－33,4921
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: EXODEOXYRIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5472
ポリマ－33,4921
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.600, 77.600, 134.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE / 5'-EXONUCLEASE


分子量: 33491.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE T5 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: 35% AMMONIUM SULFATE 100MM SODIUM CITRATE PH 5.6
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ceska, T.A., (1993) J.Mol.Biol., 233, 179.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium citrate1reservoir
335 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
425 mMpotassium phosphate1droppH7.5
51 mMEDTA1drop
61 mMdithiothreitol1drop
7100 mM1dropKCl
85 %(v/v)glycerol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月15日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 19024 / % possible obs: 74.6 % / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射
*PLUS
最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 16150 / Num. measured all: 19024 / Rmerge(I) obs: 0.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EXN

1exn


解像度: 2.75→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 1565 10 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs-16150 74.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK / Bsol: 76.6 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4399 0 3 224 4626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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