PDB-1us6: Crystal structure of the quorum-sensing protein TraM from Agrobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1us6

タイトル

Crystal structure of the quorum-sensing protein TraM from Agrobacterium tumefaciens at 1.65 Ang. resolution

要素

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TRAM

キーワード

TRANSCRIPTION REPRESSOR / NEGATIVE REGULATOR / QUORUM-SENSING / CONJUGATION / TRANSCRIPTI REGULATION / REPRESSOR / PLASMID.

機能・相同性

Transcriptional repressor TraM / Transcriptional repressor TraM superfamily / Prokaryotic Transcriptional repressor TraM / HR1 repeat / Helix Hairpins / negative regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional repressor TraM

機能・相同性情報

生物種

AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Vannini, A. / Di Marco, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Quorum-Sensing Protein Tram and its Interaction with the Transcriptional Regulator Trar
著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Di Marco, S.

履歴

登録	2003年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1us6.cif.gz	52.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1us6.ent.gz	39.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1us6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1us6_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1us6_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	1us6_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	1us6_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1us6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1us6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1upgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1upg-d 6mjo-d 2rha-d 3kus-d 3pxj-1 4rv0-1 3pxj-2 3aak-d 4mli-d 2znd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TRAM

B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TRAM

22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.809, 47.432, 47.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TRAM / TRAM 分子量: 11415.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性) 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PT7.7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57471
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: NEGATIVELY REGULATES CONJUGATION AND TRA GENES EXPRESSION BY ANTAGONIZING TRAR/AAI ...FUNCTION: NEGATIVELY REGULATES CONJUGATION AND TRA GENES EXPRESSION BY ANTAGONIZING TRAR/AAI DEPENDENT ACTIVATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9611
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 20190 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.65→50 Å / SU B: 3.795 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	1028	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.21	19120	92 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.803 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1483	0	0	217	1700

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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