PDB-1urr: A novel Drosophila Melanogaster Acylphosphatase (AcPDro2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1urr

タイトル

A novel Drosophila Melanogaster Acylphosphatase (AcPDro2)

要素

CG18505 PROTEIN

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

ACYLPHOSPHATASE /

ENZYME (酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular metabolic process /

acylphosphatase /

acylphosphatase activity /

hydrolase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Rosano, C. / Zuccotti, S. / Bolognesi, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Three-Dimensional Structural Characterization of a Novel Drosophila Melanogaster Acylphosphatase
著者: Zuccotti, S. / Rosano, C. / Ramazzotti, M. / Degl'Innocenti, D. / Stefani, M. / Manao, G. / Bolognesi, M.

履歴

登録	2003年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1urr.cif.gz	58.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1urr.ent.gz	42.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1urr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/1urr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/1urr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2acyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bz7-d 3vzv-2 3w69-2 1kdi-d 3w69-1 5xj3-11 3bdx-4 3u7a-d 5xj3-5 2gpi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG18505 PROTEIN

ヘテロ分子

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.722, 45.722, 98.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2051- HOH

#1: タンパク質	CG18505 PROTEIN / ACYLPHOSPHATASE / ACYLPHPHTASE / ACYP2 / CG18505 分子量: 11783.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VF36, acylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	pH: 4.5 / 詳細: pH 4.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.5 Å / Num. obs: 19859 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
AMoRE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACY

2acy

解像度: 1.5→10 Å / SU ML: 0.047 / ESU R Free: 0.079

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	999	5 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.163	18931	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	798	0	6	109	913

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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