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万見
- PDB-1ur6: NMR based structural model of the UbcH5B-CNOT4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ur6
タイトルNMR based structural model of the UbcH5B-CNOT4 complex
要素
  • POTENTIAL TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4HP
  • UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 2
キーワードLIGASE / UBIQUITIN CONJUGATING ENZYME / UBIQUITIN LIGASE / RING FINGER PROTEIN / CCR4-NOT COMPLEX / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / CCR4-NOT complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / FCERI mediated NF-kB activation / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / CCR4-NOT complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / FCERI mediated NF-kB activation / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling / Peroxisomal protein import / regulation of megakaryocyte differentiation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RING/Ubox like zinc-binding domain / CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. ...RING/Ubox like zinc-binding domain / CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Zinc finger RING-type profile. / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / 理論モデル
データ登録者Dominguez, C. / Bonvin, A.M.J.J. / Winkler, G.S. / Van Schaik, F.M.A. / Timmers, H.Th.M. / Boelens, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structural Model of the Ubch5B/Cnot4 Complex Revealed by Combining NMR, Mutagenesis, and Docking Approaches.
著者: Dominguez, C. / Bonvin, A.M.J.J. / Winkler, G.S. / Van Schaik, F.M.A. / Timmers, H.T.M. / Boelens, R.
履歴
登録2003年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 2
B: POTENTIAL TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4HP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0344
ポリマ－22,9032
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 2 / UBCH5B / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN / E2(17)KB 2


分子量: 16755.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: P51669, UniProt: P62837*PLUS, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質 POTENTIAL TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4HP / CNOT4 / NOT4H


分子量: 6148.101 Da / 分子数: 1 / Fragment: RING FINGER, RESIDUES 12-63 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O95628
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細CATALYZES THE COVALENT ATTACHMENT OF UBIQUITIN TO OTHER PROTEINS ATP + UBIQUITIN + PROTEIN LYSINE = ...CATALYZES THE COVALENT ATTACHMENT OF UBIQUITIN TO OTHER PROTEINS ATP + UBIQUITIN + PROTEIN LYSINE = AMP + DIPHOSPHATE + PROTEIN N-UBIQUITYLLYSINE.

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
理論モデル
NMR実験の詳細Text: NONE

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解析

NMR software名称: CNS
開発者: BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN
分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS AS DESCIRIBED IN C. DOMINGUEZ ET AL. (2003), J.AM.CHEM.SOC, 125, P1731
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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