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- PDB-1up7: Structure of the 6-phospho-beta glucosidase from Thermotoga marit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1up7
タイトルStructure of the 6-phospho-beta glucosidase from Thermotoga maritima at 2.4 Angstrom resolution in the tetragonal form with NAD and glucose-6-phosphate
要素6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY4 HYDROLASE / NAD DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 6-phospho-beta-glucosidase BglT
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Varrot, A. / Yip, V.L. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Nad+ and Metal-Ion Dependent Hydrolysis by Family 4 Glycosidases: Structural Insight Into Specificity for Phospho-Beta-D-Glucosides
著者: Varrot, A. / Yip, V.L. / Li, Y. / Rajan, S.S. / Yang, X. / Anderson, W.F. / Thompson, J. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
履歴
登録2003年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Other
改定 1.32016年12月28日Group: Data collection / Structure summary
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
B: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
C: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
D: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
E: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
F: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
G: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
H: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,49326
ポリマ－383,9128
非ポリマー7,58118
水13,673759
1
A: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
B: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
C: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
D: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,84314
ポリマ－191,9564
非ポリマー3,88610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17730 Å2
ΔGint-124.6 kcal/mol
Surface area59410 Å2
手法PISA
2
E: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
F: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
G: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
H: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,65012
ポリマ－191,9564
非ポリマー3,6948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17080 Å2
ΔGint-92.5 kcal/mol
Surface area59290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.132, 178.132, 278.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41E
51F
61G
12D
22H

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETLEULEUAA1 - 2163 - 218
211METMETLEULEUBB1 - 2163 - 218
311METMETLEULEUCC1 - 2163 - 218
411METMETLEULEUEE1 - 2163 - 218
511METMETLEULEUFF1 - 2163 - 218
611METMETLEULEUGG1 - 2163 - 218
121GLUGLUGLYGLYAA224 - 415226 - 417
221GLUGLUGLYGLYBB224 - 415226 - 417
321GLUGLUGLYGLYCC224 - 415226 - 417
421GLUGLUGLYGLYEE224 - 415226 - 417
521GLUGLUGLYGLYFF224 - 415226 - 417
621GLUGLUGLYGLYGG224 - 415226 - 417
112METMETLEULEUDD1 - 2163 - 218
212METMETLEULEUHH1 - 2163 - 218
122GLUGLUGLYGLYDD224 - 415226 - 417
222GLUGLUGLYGLYHH224 - 415226 - 417

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99813, 0.05883, -0.01667), (0.04729, 0.91552, 0.39948), (0.03877, 0.39795, -0.91659)248.97224, -43.1702, 175.04907
2given(-0.90581, 0.08992, -0.41403), (0.09531, -0.90892, -0.40593), (-0.41282, -0.40715, 0.81474)276.46356, 103.04469, 86.18145
3given(0.89892, -0.13028, 0.41829), (-0.14877, -0.9888, 0.01174), (0.41207, -0.07279, -0.90824)-25.26489, 94.02693, 145.7513
4given(0.99179, 0.01752, 0.12665), (-0.01998, 0.99963, 0.01823), (-0.12628, -0.02062, 0.99178)-102.1575, 0.94903, 17.53061
5given(-0.98654, 0.11517, -0.11612), (0.0616, 0.91939, 0.38849), (0.1515, 0.37611, -0.91411)166.05394, -43.79459, 161.50446
6given(-0.93768, 0.02955, -0.34624), (0.10371, -0.92717, -0.36), (-0.33166, -0.37347, 0.86632)186.60518, 97.98878, 69.9372
7given(0.9391, -0.14985, 0.30923), (-0.14212, -0.98871, -0.04751), (0.31286, 0.00067, -0.9498)-107.7821, 99.29242, 159.54529

-
要素

#1: タンパク質
6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 47989.051 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9X108, endo-1,3(4)-beta-glucanase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 糖
ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細HIS 0, PART OF THE INSERTED N TERMINAL HIS TAG ARG -1, PART OF THE INSERTED N TERMINAL HIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
解説: THE STARTING MODEL USED WAS THE SELENOMET STRUCTURE SOLVED IN THE SAME SPACE GROUP
結晶化pH: 4.6
詳細: 200 MM CALCIUM ACETATE, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 25% PEG500DME, 0.2MM NAD+, 1MM PNP-BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE, 2MM MNS04. PROTEIN AT 5 MG/ML WITH THE COFACTORS IN THE SAME CONCENTRATION AS ABOVE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 170857 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SE-MET STRUCTURE

解像度: 2.4→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.116 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY AND ATOM HAVE BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF 0.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 8549 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 162307 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26560 0 490 759 27809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02227608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.99237287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86853257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.24164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0220411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.213025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.516254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.957226334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89311354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1354.510953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1617tight positional0.070.05
12B1617tight positional0.070.05
13C1617tight positional0.050.05
14E1617tight positional0.040.05
15F1617tight positional0.040.05
16G1617tight positional0.050.05
21D1628tight positional0.080.05
11A1662medium positional0.450.5
12B1662medium positional0.460.5
13C1662medium positional0.440.5
14E1662medium positional0.40.5
15F1662medium positional0.450.5
16G1662medium positional0.460.5
21D1672medium positional0.350.5
11A1617tight thermal0.150.5
12B1617tight thermal0.10.5
13C1617tight thermal0.110.5
14E1617tight thermal0.090.5
15F1617tight thermal0.090.5
16G1617tight thermal0.10.5
21D1628tight thermal0.140.5
11A1662medium thermal1.052
12B1662medium thermal0.772
13C1662medium thermal0.842
14E1662medium thermal0.722
15F1662medium thermal0.72
16G1662medium thermal0.722
21D1672medium thermal0.722
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.276 497
Rwork0.22 9862
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5026-0.3748-0.44721.1279-0.12190.73420.0165-0.0546-0.00750.1076-0.0258-0.1774-0.03990.20630.00930.1677-0.0144-0.06110.087-0.05250.0644146.15658.725100.031
21.37890.90350.34381.65470.63151.8790.0533-0.16670.2080.0834-0.170.5144-0.127-0.55170.11660.1610.04380.02720.217-0.06910.2384104.91157.194112.74
31.1967-0.81060.26251.2241-0.14721.83060.03920.0611-0.0979-0.0306-0.03620.25750.2058-0.3398-0.0030.153-0.0628-0.02780.1063-0.00310.1073107.96923.21683.269
41.1140.61640.5762.5231-0.03841.07920.0816-0.1268-0.13820.4001-0.0049-0.46980.07940.1223-0.07670.27350.0177-0.08160.0791-0.00360.1425140.07515.462111.161
51.6580.0145-0.02184.2605-0.08521.0085-0.03450.07360.0262-0.38590.0703-1.3965-0.11290.3468-0.03580.3226-0.09060.07510.2108-0.09190.714855.83158.47796.921
62.38911.09030.38991.83240.33161.5830.0571-0.50910.37650.3776-0.08510.273-0.255-0.34370.0280.35130.0640.00070.2836-0.08040.23417.21457.842114.369
71.4338-0.79480.42241.6837-0.06072.12110.07910.1247-0.2354-0.0002-0.04660.19120.2879-0.3419-0.03250.2156-0.0659-0.00250.15710.00780.179116.83922.93686.111
81.78180.13070.60352.4506-0.24421.14830.0621-0.1988-0.07550.424-0.0202-0.70670.11310.2363-0.04190.38620.0522-0.17080.18470.01780.490151.27115.847110.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 415
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 415
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 415
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 415
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 415
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 415
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 415
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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