PDB-1up4: Structure of the 6-phospho-beta glucosidase from Thermotoga marit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1up4

タイトル

Structure of the 6-phospho-beta glucosidase from Thermotoga maritima at 2.85 Angstrom resolution in the monoclinic form

要素

6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY4 HYDROLASE / NAD-DEPENDENT

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Varrot, A. / Yip, V. / Withers, S.G. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Nad+ and Metal-Ion Dependent Hydrolysis by Family 4 Glycosidases: Structural Insight Into Specificity for Phospho-Beta-D-Glucosides
著者: Varrot, A. / Yip, V.L. / Li, Y. / Rajan, S.S. / Yang, X. / Anderson, W.F. / Thompson, J. / Withers, S.G. / Davies, G.J.

履歴

登録	2003年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1up4.ent.gz	520.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/1up4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/1up4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1up7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1up6-2 1up6-1 1up7-2 5c3m-2 1up7-1 5c3m-1 1ado-d 3e6u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

B: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

C: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

D: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

E: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

F: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

G: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

H: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

384 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

B: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

C: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

D: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

F: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

G: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

H: 6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.048, 188.315, 125.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 217
2	1	1	2	B	1 - 217
3	1	1	2	C	1 - 217
4	1	1	2	D	1 - 217
5	1	1	2	E	1 - 217
6	1	1	2	F	1 - 217
7	1	1	2	G	1 - 217
8	1	1	2	H	1 - 217
1	2	1	2	A	223 - 283
2	2	1	2	B	223 - 283
3	2	1	2	C	223 - 283
4	2	1	2	D	223 - 283
5	2	1	2	E	223 - 283
6	2	1	2	F	223 - 283
7	2	1	2	G	223 - 283
8	2	1	2	H	223 - 283
1	3	1	2	A	293 - 415
2	3	1	2	B	293 - 415
3	3	1	2	C	293 - 415
4	3	1	2	D	293 - 415
5	3	1	2	E	293 - 415
6	3	1	2	F	293 - 415
7	3	1	2	G	293 - 415
8	3	1	2	H	293 - 415

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.28575, 0.16821, -0.94343), (0.14315, -0.96594, -0.21558), (-0.94755, -0.19666, 0.25193)	86.62768, 114.87262, 84.35545
2	given	(0.23181, -0.4613, 0.85643), (-0.45289, -0.83035, -0.32467), (0.8609, -0.31261, -0.4014)	-5.19723, 131.72482, 77.86082
3	given	(-0.95038, 0.29885, 0.08646), (0.29871, 0.79891, 0.52203), (0.08693, 0.52195, -0.84853)	35.57854, -29.827, 82.82382
4	given	(0.92493, -0.14532, 0.35126), (0.20881, 0.96638, -0.15002), (-0.31765, 0.2121, 0.92418)	28.81234, 9.4414, -79.08702
5	given	(0.07811, -0.00144, -0.99694), (0.00236, -1, 0.00163), (-0.99694, -0.00249, -0.07811)	155.02489, 126.36591, 36.24427
6	given	(-0.15129, -0.29986, 0.94191), (-0.50555, -0.79535, -0.33441), (0.84943, -0.52677, -0.03127)	63.86448, 160.55737, 18.39849
7	given	(-0.84121, 0.45221, -0.29644), (0.28578, 0.83723, 0.46623), (0.45902, 0.30748, -0.83352)	77.50006, -35.10963, -3.24922

#1: タンパク質	6-PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE 分子量: 48021.973 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 株: MSB8 / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9X108, endo-1,3(4)-beta-glucanase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	pH: 4.6 詳細: 200 MM CALCIUM ACETATE, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 5% PEG 4000. PROTEIN AT 5 MG/ML

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器	日付: 2002年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 103065 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.85→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 13.59 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY AND ATOMS HAVE BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF 0.05

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	5153	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	97911	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	2.05 Å²
2-	-	1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26200	0	0	125	26325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	26716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.969	36001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.541	5	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	4008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	19954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	11879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.411	1.5	16023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.959	2	25963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.147	3	10693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.42	4.5	10038
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1564	tight positional	0.05	0.05
2	B	1564	tight positional	0.05	0.05
3	C	1564	tight positional	0.04	0.05
4	D	1564	tight positional	0.05	0.05
5	E	1564	tight positional	0.04	0.05
6	F	1564	tight positional	0.05	0.05
7	G	1564	tight positional	0.06	0.05
8	H	1564	tight positional	0.04	0.05
1	A	1607	medium positional	0.5	0.5
2	B	1607	medium positional	0.59	0.5
3	C	1607	medium positional	0.49	0.5
4	D	1607	medium positional	0.59	0.5
5	E	1607	medium positional	0.52	0.5
6	F	1607	medium positional	0.53	0.5
7	G	1607	medium positional	0.55	0.5
8	H	1607	medium positional	0.56	0.5
1	A	1564	tight thermal	0.09	0.5
2	B	1564	tight thermal	0.1	0.5
3	C	1564	tight thermal	0.07	0.5
4	D	1564	tight thermal	0.07	0.5
5	E	1564	tight thermal	0.08	0.5
6	F	1564	tight thermal	0.07	0.5
7	G	1564	tight thermal	0.09	0.5
8	H	1564	tight thermal	0.08	0.5
1	A	1607	medium thermal	0.67	2
2	B	1607	medium thermal	0.79	2
3	C	1607	medium thermal	0.57	2
4	D	1607	medium thermal	0.58	2
5	E	1607	medium thermal	0.62	2
6	F	1607	medium thermal	0.65	2
7	G	1607	medium thermal	0.67	2
8	H	1607	medium thermal	0.66	2

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.93 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.301	338
R_work	0.229	6863

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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