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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1un9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase from C. freundii in complex with AMP-PNP and Mg2+ | ||||||
![]() | DIHYDROXYACETONE KINASE | ||||||
![]() | KINASE / GLYCERONE KINASE / DHA KINASE / DIHYDROXYACETONE KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycerone kinase / anaerobic glycerol catabolic process / glycerone kinase activity / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siebold, C. / Arnold, I. / Garcia-Alles, L.F. / Baumann, U. / Erni, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Citrobacter Freundii Dihydroxyacetone Kinase Reveals an Eight-Stranded Alpha-Helical Barrel ATP-Binding Domain 著者: Siebold, C. / Arnold, I. / Garcia-Alles, L.F. / Baumann, U. / Erni, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.05306, 0.9985, -0.01375), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57846.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→25 Å / Num. obs: 25784 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 86 |
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解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å
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拘束条件 |
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