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- PDB-1uku: Crystal Structure of Pyrococcus horikoshii CutA1 Complexed with Cu2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uku
タイトルCrystal Structure of Pyrococcus horikoshii CutA1 Complexed with Cu2+
要素periplasmic divalent cation tolerance protein CutA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CUTA / COPPER TOLERANCE / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metal ion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Divalent-cation tolerance protein CutA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Yasutake, Y. / Yao, M. / Sakai, N. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. / Kumagai, I.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Structural implications for heavy metal-induced reversible assembly and aggregation of a protein: the case of Pyrococcus horikoshii CutA.
著者: Tanaka, Y. / Tsumoto, K. / Nakanishi, T. / Yasutake, Y. / Sakai, N. / Yao, M. / Tanaka, I. / Kumagai, I.
履歴
登録2003年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: periplasmic divalent cation tolerance protein CutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4312
ポリマ－12,3671
非ポリマー641
水1,26170
1
A: periplasmic divalent cation tolerance protein CutA
ヘテロ分子

A: periplasmic divalent cation tolerance protein CutA
ヘテロ分子

A: periplasmic divalent cation tolerance protein CutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2926
ポリマ－37,1023
非ポリマー1913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.242, 52.242, 54.111
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-150-

CU

21A-266-

HOH

31A-267-

HOH

41A-268-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: (-y+1, x-y, z) and (y-x+1, -x+1, z).

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要素

#1: タンパク質 periplasmic divalent cation tolerance protein CutA / CutA1


分子量: 12367.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0992 / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58720
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 100mM acetate buffer, 1.5M ammonium sulfate, 2mM CuSO4, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月13日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→40 Å / Num. all: 15562 / Num. obs: 15562 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 11.781 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 7.2 % / Num. unique all: 1532 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1j2v

1j2v


解像度: 1.45→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.045 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19415 1555 10.1 %RANDOM
Rwork0.16168 ---
all0.165 13822 --
obs0.16488 13822 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 10.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 0 1 70 944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.9531208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79731916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3965101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3540.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3760.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8741.5511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6492833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5313382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9814.5375
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.208 117
Rwork0.19 969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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