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- PDB-1ui5: Crystal structure of gamma-butyrolactone receptor (ArpA like protein) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ui5
タイトルCrystal structure of gamma-butyrolactone receptor (ArpA like protein)
要素A-factor receptor homolog
キーワードANTIBIOTIC / helix-turn-helix / alpha-helix-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Natsume, R. / Senda, T. / Horinouchi, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a gamma-butyrolactone autoregulator receptor protein in Streptomyces coelicolor A3(2)
著者: Natsume, R. / Ohnishi, Y. / Senda, T. / Horinouchi, S.
履歴
登録2003年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-factor receptor homolog
B: A-factor receptor homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8142
ポリマ－47,8142
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.153, 68.066, 145.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological assembly is a dimer that is contained in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 A-factor receptor homolog / CprB / bacterial autoregulator receptor protein / gamma-butyrolactone receptor


分子量: 23906.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66122
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792, 0.9795, 0.9710
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97951
30.9711
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 26450 / Num. obs: 26420 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 5.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1147 / Rsym value: 0.437 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 13.597 / SU ML: 0.328 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28645 802 5.2 %RANDOM
Rwork0.21375 ---
all0.21749 14698 --
obs0.21749 14630 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 0 75 3213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9594267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80937041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3383380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.60915565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3820.3877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.32803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.5122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1530.354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7511.51978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44823150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63431195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3834.51117
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.246 58
Rwork0.188 1045
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2704-0.5874-1.00611.9707-1.11375.43860.03230.07630.1118-0.00210.06370.0146-0.19160.3207-0.0960.1274-0.0146-0.01810.04180.02670.03439.10971.453-7.669
20.3716-0.20270.10231.535-0.3060.97650.02320.0342-0.03650.0101-0.0344-0.12020.02040.02190.01120.16380.0041-0.02310.10080.00440.069135.65150.25814.993
32.8857-0.2399-1.2114.90521.00132.35120.13820.06070.2565-0.2939-0.0073-0.0244-0.00630.1065-0.13090.1242-0.00820.00990.0430.03420.029544.22686.19121.456
40.4152-0.50850.09992.6428-0.48681.19320.0185-0.03950.0068-0.1717-0.0414-0.1212-0.02590.10240.02290.1409-0.010.00760.11510.00640.069445.70657.21530.652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 536 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2AA75 - 21275 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3BA - B5 - 535 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4BB75 - 21275 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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