PDB-1ugt: Structural Studies of Cu(I)-Bleomycin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ugt

タイトル

Structural Studies of Cu(I)-Bleomycin

要素

(0) x BLEOMYCIN A2
(1) x COBALT (II) ION

キーワード

ANTIBIOTIC / metal complex

機能・相同性

BLEOMYCIN A2 / :

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Lehmann, T.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural study of copper(I)-bleomycin.
著者: Lehmann, T.E.

履歴

登録	2003年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ugt.cif.gz	9.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ugt.ent.gz	5.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ugt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ugt_validation.pdf.gz	381.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ugt_full_validation.pdf.gz	383.7 KB	表示
XML形式データ	1ugt_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	1ugt_validation.cif.gz	2.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

ヘテロ分子

1.48 kDa, 0 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 10	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: 化合物	ChemComp-BLM / BLEOMYCIN A2 / N1-[3-(DIMETHYLSULFONIO)-PROPYL]BLEOMYCINAMIDE 分子量: 1416.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₈₅N₁₇O₂₁S₃ / コメント: 薬剤*YM
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonucear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5mM Cu(I)BLM 1H, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	5mM Cu(I)BLM, 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 5mM / pH: 8.1 / 圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.5	bruker	collection
NMRPipe	2002	Delaglio, F., Grzesiek, S., Bax, A., Vuister, G. W., Zhu, G., and Pfeifer, J.	解析
Discover	2003	Accelrys	構造決定
Discover	2003	Accelrys	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 40 non-trivial NOE-derived distance constraints

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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