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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ufr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of TT1027 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | pyr mRNA-binding attenuation protein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / pyrimidine nucleotide biosynthesis / transcriptional attenuation / RNA-binding protein / uracil phosphoribosyltransferase / STRUCTURAL GENOMICS / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / nucleoside metabolic process / DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Matsuura, T. / Sakai, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of TT1027 from Thermus thermophilus HB8 著者: Matsuura, T. / Sakai, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ufr.cif.gz | 141.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ufr.ent.gz | 112.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ufr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ufr_validation.pdf.gz | 389.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ufr_full_validation.pdf.gz | 407.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ufr_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ufr_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/1ufr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/1ufr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1a3cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is assumed to be a dimer: A chain and B chain, C chain and D chain, respectively. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20640.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83822, UniProt: Q5SK65*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: MPD, sodium acetate, calcium chloride, dioxane, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1.02 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 30397 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 2961 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A3C 解像度: 2.6→45.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 432416.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.7137 Å2 / ksol: 0.308967 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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